由于在8年执政期间大力推动法理台独，陈水扁俨然成为激进台独路线的代言人，这也为陈水扁提供了一种无形的政治保护。因此，尽管对陈水扁贪腐行为加以严厉惩处，有利于维护政党形象，却没有人敢于为此得罪党内的基本教义派，民进党内的重要政治人物也几乎都不敢与陈水扁进行彻底的切割。
脱胎于“党外”阵营的民进党自1986年9月28日成立以来，在与国民党的抗争中不断发展壮大。其间，尽管曾在一些重要的选举中遭受挫折，但直至台湾地区第一次政党轮替，民进党一直是最具实力的反对党。
2000年，陈水扁以微弱的相对多数击败宋楚瑜、连战等竞选对手，赢得台湾地区领导人选举的胜利。这标志着民进党的政治力量达到一个新的顶峰。此时，国民党不但痛失政权，而且面临党内分裂的危局，民进党在台湾政坛上一时可谓风头无两。
然而，民进党略带侥幸的胜利却成为其新一轮政治衰落的开始。执政8年中，民进党不但在政绩上乏善可陈，而且不断有党内高官涉入贪渎弊案，“第一家庭”成员涉案人数之多，贪腐情状之不雅，更是令人叹为观止。这一切使民进党一直刻意营造的清廉形象荡然无存，并使马英九以压倒性优势为国民党赢回政权。
尽管陈水扁及其家人的贪腐行为严重损害了民进党的政党形象，民进党也因此前途灰暗，但党内高层却迟迟不敢与陈水扁彻底切割。陈水扁频频与深绿势力相互取暖，并不时对民进党中央和台湾的检调单位摆出一副强硬姿态。自红衫军倒扁以来，民进党不顾政党形象上的负面影响，对陈水扁的一味姑息与纵容，使不少人感到迷惑不解。其实，这其中的缘由可以追溯至民进党成立之后的台独化过程。
从“工具台独”到“目标台独”
早在“党外”运动时期和民进党建党初期，“人民自决原则”便已出现在对抗国民党的政治运动中。1978年，台湾当局因美国与中国大陆建交而搁置当年的“中央民意代表”选举，“党外”人士于12月25日联名签署《党外人士国民声明》，声称“台湾的命运应由一千七百万人民来决定”。在当时，包含台独萌芽的自决口号更多是作为推动台湾地区政治民主化的手段，台独本身尚未成为党外运动的重要政治目标。
党外运动的最早开创者、带头签署《党外人士国民声明》的余登发始终都坚持“中国一定会统一”的观点，并认为“台湾独立，不论是新式的还是旧式的，都是不可能的”。民进党建党发起人之一、第一任党主席江鹏坚曾在解释“人民自决原则”时表示，民进党“必须有一个有别于国民党的自己的主张”，民进党“提‘自决’只是一种手段，经过这样的手段，来达到我们参与政治的目的”。第二任党主席姚嘉文也曾否认民进党的自决主张含有“自外于中华民族的台独分离意识”，并称“民进党是主张民主自决，而不是民族自决”。
可见，党外运动和建党初期的民进党，并未将台独作为政治运动的宗旨或建党后为之奋斗的最终目标，或者说，民进党早期的台独诉求最多只具有“工具性意义”。但是，一项工具性政治主张被提出后，由于后继者的矢志推动，往往可能脱离提出者的初衷，获得自身发展的惯性。民进党后期特别是上台执政后的诸多行动表明，民进党及其支持者的台独诉求，已经完成了从“工具性意义”向“目标性意义”的政治嬗变。
如果将革命单纯地定义为对政治现状的激烈改变，那种试图将台湾从中国分裂出去的企图，无疑是一种革命性的诉求。革命性势力的目的就是要推翻现状，并根据自身的价值认同对其加以改造。那些希望保持现状的人们，一开始往往对此熟视无睹或袖手旁观。他们要么因为误解而将革命性势力的诉求视为一种虚张声势的手法，要么自欺欺人地将其视为一种不会造成深刻后果的有限目的。
在台独的声音最初出现时，很少有人加以认真对待。人们总是相信两岸统一是人心所向、大势所趋。正是这种将主观期望想象为客观趋势的心态，使人们不愿直面台独势力不断壮大的事实。直到台独已经成为一个现实而迫切的威胁时，人们再要消除这种威胁，即使不是为时已晚，也必须付出极高的代价。实际上，民进党发展壮大的过程，同时也是其不断台独化的过程。民进党的台独化不但对其党内政治氛围，而且对台湾岛内的整体政治生态乃至两岸关系，都已产生了极为深刻的影响。
就其对民进党本身的影响而言，台独化使激进的台独派系始终能够在党内占据主导地位，温和势力则不断被边缘化。一般来说，在两党主导的选举政治中，为了赢得选举的胜利，候选人都需要使自己的政见向中间立场靠拢，以便获得尽可能多选民的支持。实际上，在1994年台湾省长及高雄市长选举，1995年台湾第三届“立委”选举和1996年台湾地区领导人及“国代”选举中，民进党都遭受失败，其主要原因便是候选人所持的激进台独主张。台独一时被视为“票房毒药”。
不过，这些失败并没有从根本上动摇民进党内激进台独势力的主导地位。实际上，在每次重要的选举中，任何人要想成为民进党的候选人，即使不是得到激进台独派系的积极支持，也必须得到他们的消极认同。在民进党获胜的两次重要选举中(1994年的台北市长选举和2000年台湾地区领导人选举)，代表民进党参选的陈水扁要么竭力回避台独议题，把自己打扮成一个“全面市长”，要么通过提出“积极的”两岸经贸政策和利用“新中间路线”淡化自身的台独色彩。
台独是陈水扁的护身符
但是，陈水扁从来就不是一名真心实意的中间路线者或民进党转型运动的倡导者。在推动民进党台独化方面，陈水扁一直都是不遑多让。1986年，当党外运动的代表正与国民党的代表就推动民主宪政积极沟通时，作为党外公政会重要成员的陈水扁对“沟通”口诛笔伐，并称“沟通”为“钩通”。以陈水扁等人为主的党外激进派人士为了争取党外运动的主流地位，以“不妥协”标榜自己，甚至指责参与沟通的党外人士向政权当局妥协、投降，失去党外抗议精神和出卖党外的支持者。1997年，在许信良积极推动民进党转型时，陈水扁也曾大力反对并展现出强硬的台独立场，从而获得党内基本教义派的支持。
为了赢得政党之间的政治竞争，候选人需要尽量向中间立场靠拢，但为了在政党内部斗争中获得胜利，竞争者则必须展现一种激进的姿态。实际上，一名候选人在正式选举中可能表现的温和程度，恰恰取决于其一贯的激进立场得到党内基本教义派认同的程度。在民进党台独化过程中所起的积极作用，不但为陈水扁赢得重要选举的党内提名，而且还使其拥有了在正式选举中采取灵活立场的政治资本。
民进党政治人物出于选举需要而显示的灵活立场和温和姿态，曾被不少人视为“可与之打交道”的依据。他们相信这些政治人物有妥协的诚意。但在与革命性势力打交道的过程中，强调“诚意”并没有什么意义。革命性势力最缺乏的就是诚意和达成最终妥协的 意愿。它可能会与维持现状者进行沟通和会谈，但它的目的并不是解决纠纷，而是为了利用商谈场所进行宣传，从而影响舆论和争取同情。
由于在8年执政期间大力推动法理台独，陈水扁俨然成为激进台独路线的代言人，这也为陈水扁提供了一种无形的政治保护。因此，尽管对陈水扁贪腐行为加以严厉惩处，有利于维护民进党的政党形象，却没有人敢于为此得罪党内的基本教义派，民进党内的重要政治人物也几乎都不敢与陈水扁进行彻底的切割。最近，重回民进党的许信良在一次集会上对陈水扁进行谴责，最后却不得不在一片嘘声和呼啸而至的饮料瓶中悻悻离场。
自上世纪90年代初，“泛新潮流系”的高纯度、理念型台独主张成为民进党内的主流意见后，对任何党内政治人物而言，失去了基本教义派的支持，在党内就不会再有什么政治前途。多数情况下，基本教义派都能主导一个政党的政治路线和政治议程。现在的民进党大佬们不会忘记，从康宁祥到施明德再到许信良，这些真心实意为民进党大力拓展政治疆土的转型路线(或中间路线)倡导者，最后都因为难以见容于基本教义派而被迫离开民进党。
在被独统争执和族群分歧所左右的台湾政坛，第三势力难有生存和发展的空间。面对台独基本教义派的压力，不但民进党内的政治人物需要谨小慎微，甚至整个民进党都不敢从台独立场上稍作后退。尽管基本教义派的制约可能会限制民进党政治版图的进一步扩大，但民进党对此也无可奈何，因为它绝不能听任深绿选民所构成的庞大政治资源，被虎视眈眈的其他泛绿政党趁机收编。
正是因为未能看到基本教义派对民进党温和路线的否决性力量，不少人对民进党政治人物出于选举需要而展现的温和姿态，抱有一种不切实际的期望。实际上，在尚且不能一蹴而就地达成最终目标时，任何革命性势力只要掌握一些必要的心理技巧，就一定会把每一个具体步骤说成是追求有限目标的表现，或者说成是出于某种正当苦衷而迫不得已采取的措施。被诩为“台独理论大师”的林浊水，曾这样描述民进党的台独历程和新潮流系在其中所发挥的作用：“我们希望民进党扮演追求台独运动的火车头，我们一步一步地让民进党台独化。我们每一步都考虑到当时政治环境接受的程度，我们总是提出比大家能够接受高一点点的纲领，然后大家折衷一下，就恰到好处……5年之间，我们做了，七个步骤，我们是稳打稳扎。”
和革命性势力相比，维持现状者在心理上处于极为不利的境地。他们总是倾向于相信前者出于策略需要而显示出来的“诚意”(有时甚至不惜自欺欺人)，因为他们不愿意为了阻止现状的有限改变而面对可能发生的激烈冲突，不想失去他们所珍视的安宁。因此，尽管在开始时实际的力量平衡对革命性势力是不利的，革命性势力由于目标明确和无所顾忌仍可获得心理上的优势，从而弥补实力上的不足。革命性势力在现实所迫的情况下，有时也会调整自身的立场(这常常被人们天真地视为真正有诚意的表现)，但这种调整只有一种战术上的意义：为下一次较量作更充分的准备。
提升两岸统一的内在价值
台独基本教义派在主导民进党政治走向的同时，也深刻地影响了台湾岛内的政治生态，进而在很大程度上改变两岸关系的性质。在两蒋时代，尽管海峡两岸大有不共戴天之势，但其冲突只是源于意识形态和政治制度上的分歧。在对中国人的身份认同上，当时两岸民众并无多少歧见。思想上的分歧可能会使一个国家暂时处于分裂状态，但一般不会对国家统一构成难以克服的障碍。以韩国与朝鲜(或统一前的东德与西德)为例，尽管它们已是享有主权的独立国家，但双方的民众在身份认同上并不存在重大分歧，因此都将分裂状态视为一种临时性的安排。人们对最终统一的目标并无异议，分歧仅在于统一的方式和途径。
相反，一个国家不同地域的民众如果在国民身份认同上出现了分歧，则不管是使分隔的地区走向统一，还是维护现有的统一状态，都是一个极为严峻的难题。改变台湾民众的身份认同，使他们将自己与“中国人”区分开来，正是台独势力“去中国化”活动的要害所在。台独势力在改变台湾民众身份认同方面所取得的成效，使台海两岸在今后的妥协变得更加困难。那些一直强调“时间站在统一一边”的人，似乎不应该对这种危险的趋势视而不见。
部分台湾民众在身份认同上的改变，在促使“工具台独”向“理念台独”转变的同时，也使得独统争执主导了台湾岛内的政治生活。在这种政治争执中，台独势力显然占据着心理上的优势。台海两岸目前的现状并非一种正常状态，台湾的最终前途无疑只有统一和独立两种可能。台独阵营的独立诉求为支持者提供了明确的方向感，因此能够展现强大的政治动员能力。相反，以国民党为代表的泛蓝阵营尽管反对台独，但由于与大陆方面仍存在政治制度上的分歧，因而一直在统一问题上态度模糊。由于“维持现状”的政策无法为支持者提供明确的方向感，泛蓝阵营常常在政治上处于被动。
反对统一的人可以高擎台独的大旗，反对台独的人却对统一讳莫如深，这必然会使台独诉求逐渐取代统一诉求，在台湾岛内成为一种新的“政治正确”。将台独视为一种可以为之付出代价的信念的人越来越多，而这样对待统一的人却似乎越来越少。实际上，不少对台独表示反对的台湾民众，已不再将台独视为一种无法接受的政治诉求，而只是担心台独会破坏台海和平并危及台湾的安全。台独势力则不遗余力地利用大陆政制上的缺憾和一些带有人为因素的社会问题，打击台湾民众对两岸统一的信心和期望。最近的毒奶粉事件即是一个很好的例证。
考虑到台湾目前的岛内政治生态，马英九最近就两岸关系的表态显得难能可贵。马英九提出“两个地区”的说法，既是为了净化被“一边一国”和“两国论”所污染的两岸关系氛围，也是为了使台海两岸告别“身份认同”的分歧，重回两蒋时期的“政治认同”之争。在今年台湾地区领导人选举之前，为了扩大政治支持的基础，马英九对台独的反对立场有所软化。大陆有些人因此将其和连战及宋楚瑜加以比较，并对其独统立场表示质疑。这种比较实在是很不恰当，得出的结论也不可靠。如果将马英九的选举语言与2000年连宋的选举语言加以比较，人们便会发现，只有马英九自始至终从未对“两国论”作过任何形式的认同。
就当前大陆的对台政策而言，最重要的是消除台湾民众的政治顾虑，让他们相信两岸统一是一种值得追求的政治目标。具有浓厚中华民国情结的马英九在台湾上台执政，而民进党却深陷困境，这等于为大陆打开了一扇难得的机会之窗。大陆方面应当尽快采取各种有效措施，从政治、经济和文化等各方面促进两岸的交流融合。如果战略上的准备是为了不让台独势力看到一丝一毫的“希望之光”，那么在政策上，最重要的就是适时革新大陆的政治和社会体制，强化台湾民众对大陆的政治认同。可以说，愿意将统一视为值得珍视的价值而加以捍卫的台湾民众有多少，台海两岸和平统一的希望就有多大。