1912年1月14日，陶成章在上海广慈医院被蒋介石和王竹卿暗杀了。 蒋介石对自己刺杀陶成章如此说：“陶成章踵回国，故意破坏同盟会，拥戴章炳麟，抹杀孙黄历史，并谋刺陈其美……孰权公私利害，决先除陶，以定革命全局，事后自承其罪……”
在辛亥革命前四五年时间里，陶成章的倒孙风潮，使孙中山的威信受到严重质疑和挑战。他并非没有知人之明，他对孙中山不满，也只是对一个革命领袖过高期待的失望，他攻击孙中山那么激烈，以至于黄兴以为他要取而代之，但他其实是想举黄兴代孙中山。
陶成章死后，国内震惊，革命党人尤为愤慨。孙中山闻讯，“不胜骇异”，“非常痛悼”。虽然陶成章生前激烈反对过他，但是，孙中山明白陶成章领导的光复会成员在辛亥革命中的重大贡献。4年后的1916年，孙中山莅临绍兴东湖陶社，题“气壮河山”匾额。
陶成章死了。同盟会和光复会的矛盾越发白热化，光复会走向了惨烈的终点。
1912年1月28日，章太炎在《大共和日报》发表致孙中山公开信，谴责同盟会与光复会之间的自相残杀。当天，孙中山以中华民国临时大总统名义致电中国同盟会及同盟会籍的广东都督陈炯明，调解两会冲突，但光复会重要骨干、广东汕头民军司令许雪秋、陈芸生“与同盟会员之领军者不合，势成水火”。孙中山的调解无效，1912年5月初，许雪秋、陈芸生被陈炯明派人在汕头捕杀，当日就传出了“革命成功，革命党人死亡”的歌谣。
由于陶成章的死，光复会失去了最有力的组织者和实干家，失去了国家社会层面的领袖，使得革命党人中极为重要的一支力量瓦解。历史为胜利者和最后存活者书写，在书写他和他的革命同志时，不免把他们的意义大打折扣了。人们不再谈论他的历史作用，而是谈论陶成章的“二三事”，甚至把他的人生细节当作笑谈。
不过，他的苦行是值得说的。陶成章的生活十分简朴，有一次，他去南洋为革命筹款，没有足够的钱支付船票，就帮轮船铲煤，因为他工作认真，船长就免了他的船票。“其实，陶先生很有钱，南洋筹来的很多经费都经其手，但他不拿毫厘，全都用于革命。”
陶成章从未贪图安逸享乐，他对吃喝嫖赌深恶痛绝。一次，陈其美因军需向陶成章要求分用南洋华侨捐款，陶回答说：“你好嫖妓，上海尽有够你用的钱，我的钱要给浙江革命同志用，不能供你嫖妓之用。”鲁迅回忆说，“以革命为事”的陶成章“穷得不堪”，在上海一度自称会稽先生，教人催眠术糊口。
在鲁迅眼中，陶成章是革命党中的实业家。在其对手之一吴稚晖眼里他是“性虽褊急，心实坦白”之人。光复会人对他更是敬仰有加。
他的孙儿陶亚成评价他：品格高尚，言行一致，思想进步，身体力行。在他35岁去世时，妻子孙晓云只有32岁。“祖母一生没有再嫁，她说，再没有祖父这样出色的男人能够让她心动。”陶亚成回忆，“祖母把父亲给她的零用钱都攒下来，每到祖父的忌日，就买许多锡箔和贡品给他。祖母对祖父的爱，一直延续到她生命的最后一刻。”（全文完）