一、民法典与特别民法的关系研究
近代民法传统是以农业为主的社会建构起来的，它以自由和效率为其最高价值追求。而在现代民法中，为了保护弱者（诸如消费者、劳动者）的利益，西方各国在民法典之外制定了很多特别民法。这些特别民法的理念与传统民法典完全相反。我国目前也有大量的特别民法。在民法典的制定过程中，我们面临的一个重大问题就是如何协调两者之间的关系。
二、民法与生态问题
近代民法无疑是基于近现代自由主义政制建立的，而自由主义并不关注生态问题，或者说，它对生态问题有心无力。民法以自由和效率为价值追求，其制度设计如物权制度、契约自由和过错责任都围绕这一目标建构。目前，生态和可持续性发展问题已成为世界性的重大问题，环境资源法就是为了回应这些问题而成为正式的制度性安排的。在国内法理学界，早就有将自然，至少将动物作为法律主体的呼吁，而国外的立法也多少支持了这样的观点。在民事主体、物权法以及侵权法方面，都有学者试图以生态主义的观念来改造现有的制度。但是，环境法的理念如何突破主体/客体的两分法，既涉及到民法价值体系和立法体系编排，也涉及到民事诉讼法等各部门法变革（如代际侵权中的起诉权问题）。从整个汉语学界看，有关环境的理论主要是突破人类中心主义，在具体的操作层面上，除了笼统地运用民法中的代理制度外，细致的制度化路径研究还很少。
三、公法与私法的关系问题
民法中涉及大量的私法与公法交叉的问题。如环境权的公法与私法保护、公法上的请求权与私法上的请求权、人格权的公法渊源和私法渊源、法律行为中的国家强制与私法自治、物权法定原则中的强制与自由等。在中国处于国家与社会共同转型时期，妥善处理公法与私法的关系显得越来越重要。
公法与私法的划分直接对应的是政治国家与市民社会的两分模式。国家与社会最理想的状态不是此消彼长，而是同生共长、相互促进的关系，最终促进国家的善治。任何一方的力量过小都可能引发重大的社会问题。这既是理论的逻辑，也是人类历史展现的逻辑。在当今社会普遍存在公民与国家的距离越来越远的情况下，尤其应注意这一问题。在我国转型期间，不能走强调私法自治而忽视国家作用的极端，也不能因为强调国家的推动作用和主动性而忽视了市民社会的自由、想象力和创造力。
在我国，公法/私法的区分虽然已经成为法学界的常识，但是，公法/私法关系的真正澄清和厘定，还有许多技术问题。很多学者也都注意到了\"私法公法化\"和\"公法私法化\"的倾向，但大多数议论以纵横捭阖、汪洋恣肆的宏观纵论居多，鞭辟入里、细致精微的微观问题分析较少。在一切部门法学中，民法学应是最擅长微观分析的学科。在公法/私法的两分已经达成共识的学术背景下，我们需要讨论更为细致的公法与私法的关系问题。如我国国家赔偿法规定的国家赔偿与民法通则中规定的国家机关或者国家机关工作人员的执行职务侵权行为之间是什么样的关系？某人被公安机关无端羁押，在决定赔偿数额时，应适用何种法律？如果对这类侵权行为都适用国家赔偿法，那么国家减轻其责任的合法性是什么？民法通则的规定还有什么价值？对这些问题，目前民法学界还缺乏深入研究。
四、其它问题研究
我国民法学界的研究中存在的最重要问题是过于依赖概念法学方法，在某种程度上忽视了问题本身。还有一个突出的问题是选题重复，而且欠缺问题意识，论证不严密。
中国民法学继承的是潘德克吞学派以来的德国民法学传统。很明显，概念法学过高地估计了一般性概念的位阶关系形成的逻辑体系对于发现和理解法律的意义。但是一个概念只是一种称谓而已，它不能被实体化。我们如果纠缠于概念本身，就可能被概念遮蔽了事实和问题本身。事实上，我们应注意移植的概念往往与历史的和社会的语境有着密切关联，因为大陆法系的概念体系表面上具有一种连续性，但在这种表象之后，却可能存在着含义上的根本性断裂。概念法学虽然提供了一种科学的体系构造之基础方法，但其缺陷在于它只考虑概念的形式逻辑性，而忽视了其中蕴涵的功能和价值。概念法学中是否完全排除了价值，这还值得研究。但最重要的还是发现问题，带着明确的问题意识进入到论文的写作中。仅仅是概念的厘定与辨别，常常对于生活事实和问题本身无济于事。概念的演绎与推导，完全是书斋的产物，它与活生生的现实生活是脱节的，而民法解决的是现实问题，我们不能舍本逐末。
另外一个问题就是欠缺有力的论证。我们习惯的论证方式还是历史的和比较的角度，从罗马法到现代民法，从法国民法典到中国的民法通则。这种论证方式常常没有力量，因为文本分析的解释力始终有限。我们必须从问题本身进行论证，而不是引用概念和文本上的制度，而忽视了文本赖以存在的社会的、历史的、经济的背景。在民法中，我们常常运用交叉学科的方法，但必须意识到民法学科的特性，不能简单地嫁接哲学、社会学和经济学，而必须从民法学的角度出发运用这些知识，从另外一个角度为这些学科也提供足够的制度甚至是思想资源。现在民法学研究中哲学的普泛化也是一个重大问题，民法与哲学无疑是有关的，甚至关系还很密切，但是这并不意味着可以随意运用哲学方法来解决民法问题，关键问题还是在于如何运用交叉学科的知识。如果我们运用这些知识仅仅是引入一些名词，为自己的论点提供一种道德上的、哲学上的论证，那么我们就必须反思了：民法毕竟是涉及到人们现实生活的鲜活规范，有时把它哲学化了，规范本身反而失去了生命力。事实上，民法作为人事日用之法，与人的生存状态息息相关，我们从民法中透视这个社会的变迁，并予以解释，其理论贡献也许更大。