对于周作人来说，1928至1929的两年间是其写作欲望甚为低落的时期。据他自述：近来大懒散，久不写文字，下笔板滞，甚不自满意，以至“1929年几乎全不把笔”，而他的“苦雨斋便也萧寂得如同古寺一般”。然而，正是在此期间，北方学界面对南、北政权更迭，以至围绕北平大学区的设置引发一波又一波风潮，纷纭扰攘，久难平息，可谓多事之秋。周作人亲历其事，在与好友江绍原的私札往来中多有议论，其中涉及对所谓北大五四新文化传统的不予认同、人事变迁的取舍态度以及郁结于胸的学界派别意识等等。由此可以窥知“改朝换代”之际周作人这类知识分子的微妙处境和彷徨心态。关于此节，现有周氏谱、传尚无载述。
北平大学区风潮的远因，可回溯到1927年夏季奉系势力入据北京，强行合组国立九校为“京师大学校”(校长刘哲)，致使北京大学在名义上一度不复存在。珍视北大传统的人们扼腕痛惜，但曾经为“五四健将”的周作人却另有所见：合并国立各校，“我虽未必赞成，觉得这样办亦无妨，因我也觉得北大或其他各大学之毁坏殊不甚足惜”。在他看来，北大的光荣传统乃属子虚乌有，该校近十年来所从事的幼稚的新文化运动实无功罪可言，胡适诸人高自标榜为中国的文艺复兴，“殊属过奖”，不足置信。此语出自曾经参与新文化运动且与北大关系非浅的周作人，不免令人感到困惑，然而在他却是并非冲动的“冷静之言”。秉此认知，周作人其后在北平大学区风潮中与坚持护校的北大学生的立场大相径庭。不过，可能是为了“少几点钟的功课”，周作人未曾接受“京师大学校”发来的聘书，一度沦为“自由人”，而这恰恰成为他后来蔑视“前恭后倨”的护校学生们的一种心理优势。
仅仅一年之后，奉系势力退往关外，国民党的北伐军进入北京。原北大师生谋求复校，恢复校名。可是随着北京易名为北平，加之教育行政高层意见不一，“京师大学校”改称中华大学，合校体制未作任何变动，北大复校的努力遭受顿挫。出任中华大学校长者为李石曾，此人一向与“现代评论派”不睦，当年为反对教育总长章士钊而力主北大脱离教育部，与周氏兄弟属于同一营垒。显然，周作人对李石曾北来出掌校政心存期待：“闻李石公明日可抵上海，……想中华大学可以渐渐组织起来，惟现代派诸君子似因此有点灰心，无再来北平重整旗鼓之势。”此时的周作人，面对“改朝换代”之际朋友们多已高升，而自身仍为“布衣”的处境竟也处之泰然，所想望者乃是“回归”大学实现组建“日本文学系”的梦想；
同时又能够避开笔战虽过而余怨未消的现代评论派“正人君子们”。稍后他又闻知李石曾校长筹得经费50万，寒假前可无短绌之虞，便愈加露出谨慎的乐观。
然而，李石曾无视教育界的反对意见，执意在北方推行大学区制，改中华大学为北平大学，进而涵盖平、津、冀、热（河）四省市，设立北平大学区。当1928年冬他北上实施这一宏大计划时，却遭到原北大学生的武力抵制，引发一场震动学界的大风潮。周作人对学生的举动十分反感，颇有讥议：“北平大学在筹备开门，惟北大学生尚在反对改组，此辈刘哲时代的顺民到此刻忽然扛出‘北大光荣’的牌子来要保存整个的北大，未免可笑”。当学生武力护校与强行接收的大学区当局发生冲突，进而冲击李石曾住宅后，周氏更加痛责学生：“此辈以重打赵家楼自豪，其实乃五四精神之败类，北大前途因此未可乐观”。其实，无论是奉系合并各校，还是李石曾设置北平大学区，就管理体制而言，均非忽发奇想，而是其来有自。从民国初年始，即有大学区的划分，袁世凯时期制定《教育纲要》，拟分全国为四个大学区，汤化龙出长教育部后，增至六个，范源濂任教育总长时，将全国分为七个大学区，如第一大学区为直、鲁、豫三省，分科大学设在北京。当然此类分区仅限于筹议，远未全面实施。不过，1922年间，蔡元培、胡适等曾议及“第一大学区(北京)国立各校合并”事宜。可知，试行大学区制亦非毫无基础。那么，李石曾何以遭遇如此激烈的反对?这显然与人事纠葛有关。
周作人在此次风潮最激烈之时曾有一番议论：学生们“反李（石曾）而拥蔡(元培)，不知政治上蔡、李本是一派，北平大学办法亦系蔡在任所时所定，蔡固系五四之首魁(?)，但现在又已提议停止青年运动，不知何以如此为学生所看中也?闻北大护校一派人对于所谓语丝派、猛进派均欲打倒，惟现代派可以拥护，此虽亦是流言，或不无几分真实”。据此看来，人事因素构成此次风潮的主因。有一种较为通行的说法，三十年代的教育界，蔡元培的“北大系”和李石曾的“中法系”并立，不时摩擦，此消彼长，而发端即始自北平大学区设置前后。实则蔡、李二人在思想、政治、教育诸方面颇多一致或相近，曾长期合作，私谊可称洽契，不过，南京国民政府时期二人身后隐然各存一文人圈，虽大小不同，且时相交迭，然或因意见相左，或由利害所关，龃龉摩擦，蔡、李于此亦难全然置身事外。试行大学区制，本是蔡、李力主所致，然涉及北方教育权，二人又各有主张，难以协调。李石曾得到南京政府中枢护持，雄心万丈，志在必得，而蔡元培居于少数，退处下风。可是李氏在教育界不甚孚人望，用人偏重留法一派，示人以不广，胡适对李即一向不大看重，其日记称：“十年以来，无有一次看得起此人的”。如此种种，当北大师生探知教育行政高层对设立北平大学区存在分歧(蔡主张慎重)，出现“反李拥蔡”的风嘲也就在“情理”之中了。显然，包括李石曾在内的“南京诸公”对蔡元培在北大的精神影响力估计不足。
岂止“南京诸公”，身处北方学界的周作人对“北大师生至今尚迷信蔡公”同样困惑不解，连连称奇：“惟反李而不反蔡乃一奇，或者蔡公更善于做官可用为说明”。在此，周氏对蔡施以贬意已显而易见。蔡元培与周氏兄弟有同乡之谊，当年鲁迅进教育部，周作人任职北大，均系蔡氏延揽。在北大期间，蔡与周氏兄弟时相过从，为影印乡贤李慈铭《越缦堂日记》，蔡曾委托周作人代管具体事宜。在校政方面，蔡一向比较依重欧美派学者，周氏相对显得冷落。1926年暮春，周作人致函归国后滞留南方的蔡校长，劝其北上履职，函称：“作人在北大将及十年，除教课外，于教务素不过问。今因先生不来北京，与北大前途关系至大，偶有所见，不敢缄默，敬以奉陈”。那时，周对蔡尚满怀热望。然而出于政治上的考虑，蔡不得不“弃职”北大，以至连胡适对此亦大为不满，周的失望也就可想而知。更有甚者，此后蔡元培反对阶级斗争的言论和参与“清党”的举动，使得此时已经激愤起来的周作人难以容忍，遂公开撰文抨击，指出“南方之事全败坏于清党”，蔡、吴（稚晖）等元老难辞其咎。尤其令周氏颇感刺激的是，蔡在国民党中央会议上列名提出停止青年运动议案，周后来慨叹：“观蔡公近数年言行，深感到所谓晚节之不易保守”。不妨说，周作人对北大光荣传统的不予认同，某种程度上是对蔡元培等深感失望之后的一种逆反。因此，大学区风潮当中，周与北大学生几乎反其道而行之，自称“反蔡而不拥李”。不拥李略嫌空洞，反蔡倒有几分真实。
周作人的“反蔡”还与他拒斥胡适等“现代评论派”的隐秘心理有关。风嘲中学生们的“拥蔡”立场与“惟现代派可以拥护，其他各派均欲打倒”的流言，无疑牵动了周氏那根敏感的神经。前不久还在暗自庆幸现代派诸君子无来北平重张旗鼓之势，而今他们的“幽灵”又在北方学界游荡了，如何叫周氏不警觉?周作人与胡适诸人曾一度“谬托知己”，后来因“女师大事件”反目成仇，势若水火，虽已事过境迁，终是心存芥蒂。他身在北方，却始终关注“论敌”们的后续动态：北伐后不久，“闻现代派诸公在东南甚得法，新月书店又已开张，喜可知也!殊令人有蒋总司令的革命乃是为他们而革的之感”。这大概就是他晚年撰写《知堂回想录》忆述“北伐成功后，所谓吃五四饭的都飞黄腾达起来，做了新官僚”的初始印象。蔡元培出任南京政府大学院长，坚邀胡适充任大学委员会委员一职。对此，周氏这样议论道：“在北方的人看去，他(胡适)似乎是太上院长”。学界向有“蔡、胡一体”之说，周作人对此确乎深信不疑。
正当北大学生护校高潮趋向平息，有关各方协商“善后”之际，胡适于1929年1月忽有北平之行。此行本为参加协和医学院董事会议，且属于公开活动，但周作人却疑其与北大校事有关：“闻胡博士秘密来平，不知何作”，“目下情形似陈公辞后，以博士继任也”。即揣测胡适接替陈大齐出长为保持北大独立性而特设的“北大学院”。胡适南返后，周作人仍疑虑重重，认为“别一方面也可以派自己的人来接任，如胡博士。”不难看出，周氏的警觉始终未曾放松。鲁迅对北平大学区风潮亦尝有所议论，他在致章廷谦、李霁野的函中称：“闻北京各校，非常纷纭，什么敢死队之类，亦均具备，真是无话可说也”。“我看北京学界，似乎已经和现代评论派联合一气了”。这分明是说，北大等校拒李风潮与现代评论派难脱干系。周作人对此说法的反应是“疑信参半”，他承认，北大此次风潮“原因颇复杂，吾辈虽站在旁边，有时亦莫测高深”。周作人与胡适关系的“解冻”，是后来胡因“人权问题”与国民党大起冲突之时，周主动去函，劝胡北返，双方自此重修旧好，此乃后话。
北平大学区风潮的余波持续到1929年的上半年，继北大学生“武力示威”之后，又有北师大学生的第二次冲击，加之女子学院问题、教员索薪活动，使北平大学区实际主政的李书华焦头烂额，最后只得一走了之。周作人斥其“顽钝”，对北平大学现状明显表示不满。此时他不仅“归队”仍做国文系教授，还曾一度代理系主任之职，然其消极低调则日甚一日。他不时抱怨：“北大开学才一个月，而经费似就有问题”，“北平一切如故，北平大学无钱亦如故”，“近来颇想购书而不敢花钱，想作文而又不能静心，每日马马糊糊过日子而已。”经济上如此，精神上亦复“消沉”，比较《语丝》时期的尽性发抒，已然不得不强自内敛。其自述：年来经验日多，世故渐深，对时事绝不妄评，惟旁观而已，“可惜因此亦缺少执笔之兴，即别的文章也不大作”。国民党“革命”政权向北方的扩展，起初曾造成传统知识界的内心紧张。略微夸张一点说，周作人1929年的“几乎全不把笔”，似乎蕴涵着时代即将转换的某种预感，他的所谓“民国十八年的新觉悟”一说恰恰与其写作状态低落相互对应，且透露出内心隐忧：“我觉得现在世界上是反动时代的起头，低文化的各国多趋于专制，中国恐亦难免，且封建思想更深且重，所以社会现象亦更不佳。既无反抗之志与力，我想且稍取隐逸态度为宜。”所谓隐逸态度，盖“闭户读书”之类是也。
同年6月间，北平大学区宣布撤消，北京大学终于恢复。可是就在此后不久，周作人突然向江绍原表示：“近来很想不做教员，只苦于无官可做，不然的确想改行也”。此语的虚实尚待考究，不过社会政治变动时期，北方高等学府中颇不乏“弃学从政”的升迁之士，一向恬静闲适的周作人其内心偶尔也不免躁动不安。看来知堂先生标榜的“隐逸功夫”还远未纯熟，需要继续修炼。
（张挺、江小蕙笺注：《周作人早年佚简笺注》，四川文艺出版社1992年出版）