1994年国家将税务系统一分为二，分为国家税务系统和地方税务系统。其中，国家税务系统实行由国家税务总局垂直管理体制，地方税务局则由各市县管理体制；
九十年代末，地方税务局又改由省以下垂直管理体制。
应该说，当初把税务系统做这样的分工，有其现实意义：因为当时的征管手段极为落后，地方政府及税务机关法制观念还不是很强，税制本身也存在着极大的不合理性，漏洞较多。地方政府为了自身的利益，会利用减免税等环节，尽量减少上缴国家的税款数量，并由于当时税款划缴的方式是自下而上，从而导致地方截流中央税款，使中央财政无法得到及时入库。国家为了有充足的财政收入，便下起了猛药，双管齐下，一方面改变税款的入库方式，中央税、中央和地方共享税全部直接入中央金库，然后自上而下划拨；
另一方面以国、地税的分立来划分中央和地方的财权，让垂直管理的国税系统来保障中央财政有钱可用。实践证明，在经济高速增长的大背景下，两套机构分设以后，中央财政得到了空前的保障，国家对国民经济的调控能力进一步加强，也充分调动着地方发展经济的积极性，各级地方财政也随之高速稳定地增长。
然而，事到如今，当初二者分离的理由已荡然无存，其弊端却渐次显露。这主要表现在这三方面。首先， 机构分设不利于精兵简政，和国家机构改革整体思路不相符 。机构的分设，使税务局分为国税局和地税局，一个机构变成两个机构，一套人马分成两套人马。伴随着事权的分离，很多过去一个人去做的事情，现在变成了两个人去做，从而导致人员在分家后各有不同程度的增加，而地税成立当初由于属于各级地方政府管理，进入地税系统的门槛被人为降低，其人员的增加幅度要大大高于国税系统。
机构分设时，全国税务系统总在编人数不到60万，可经过十一年的变迁，全国税务系统总人数已达百万之巨。
换言之，机构分设增加了税收征收成本，从而加剧社会负担。其次，机构分设造成了税务人员的严重不足，弱化了依法征管的力度。机构分设以后，各自系统人员虽各有不同程度的增加，但与原来的一套人马相比，两家的单套人马明显不如分家前合一力量强大，地区性、结构性的人员短缺暴露明显，有可比性的征管力度有所弱化。而且，两套机构各自为政、信息不能互通，导致大量税款的流失。最后，机构分设导致管理权限的分离，让有偷税倾向的纳税人有空子可钻，导致漏管户的增加。有的使用增值税发票的纳税人长期不到地税机关办理登记，导致地方税收的流失；
而有的使用地方税务局监制发票的纳税人又不主动去国税部门办理登记，2002年以后新办企业的企业所得税就处于无人管理的状况。
鉴于 随着我国法制环境的不断优化，各级政府法制观念也在不断加强，“依法治税”已经成为两套税务机关和税务人员的共识。随着征管手段的加强，尤其是金税工程的实施，配合各类征管软件的应用以及和银行及金库的联网，征收管理的透明度得到了空前的提高，税种的入库级次不能再随意地调整，中央和各级地方政府之间的税收分成已经形成了法制化等等实际情况，我主张将国税地税合二为一，以避免政出多门，企业无所适从，依法保障中央财政收入。
二者之所以在现在能够重新合一，起码有以下理由。其一，只有二者合一，才能真正建立便于操作的税收分成体系。机构分设前，中央税及中央和地方共享税的管理权在国税系统，其他纯地方税税种由地税系统管理，另有一些是按照行业和经济类型划分征管权。但随着国民经济的快速发展，国家需要更多的财力对国民经济进行宏观调控，导致中央分成范围的不断扩大、分成比例的不断提高。与其把分成比例搞得这么复杂，还不如多设立一个中央税或者提高增值税的中央分成部分，由合并后的税务局按级次入库即刻，合并前两套机构严格按照税种划分进行管理。
其二，分设十一年，地方税种立法毫无进展，为两套机构合并预留了空间 。同时，信息化的高速发展，也为“依法治税”提供了技术支持 。最后，从实践上看，上海模式证明了合并的合理性 。
在全国税务系统分设两套机构十一年之久的今天，上海仍然是财税局，没有单独的国税局、地税局，实践证明，上海市的财税系统是中国人员最为精干、效率最高的财税系统。
总之，在我国逐渐走向“依法治国”的今天，“依法治税”也已经成为各级税务机关的奋斗目标。国、地税两套机构的合并，对于国家降低行政成本、提高工作效率，都将起到积极的作用，也是广大纳税人的热切期盼。