我国教育与世界先进水平相比，最大的差距不是技术、不是金钱、也不是人才，而是落后的制度。“副部级”高校的做法强化了大学的行政化倾向和官本位价值，助长了高校领导干部在“做官”上的攀比，在实践中已经产生明显的负面后果。
继2000年前后北京大学、清华大学等20余所大学被确定为“副部级”，最近，华中科技大学、厦门大学等11所大学也升格为副部级。这样，我国现有约32所副部级大学，都是列为国家重点建设的优秀大学。
中国的优秀大学怎样发展建设、怎样争创“世界一流”，一直为国人所关注。国家的一个重大举措是通过“985工程”对若干研究型大学进行重点投资建设；
提升这些大学的行政级别是否重点建设的另一措施不得而知，但其合理性却是应当从根本上予以质疑的。
区别于政府和企业，大学作为教学和研究机构，是典型的“第三部门”。高等学校的管理应当遵循自己的逻辑，而非套用行政化的机关模式。在计划体制下形成的单位制，使我国的社会组织均有不同程度的行政化色彩，如为人诟病的“处级和尚”之类；
但淡化学校的行政级别，扩大高校的自主权，使之成为面向社会自主办学的法人实体这一改革的目标是十分明确的。为此，早在1980年代中期的教育体制和政治体制改革中，即取消了普通高校的行政差别，将所有高校均定为局级。以中国高校差距之大，享受划一待遇固有不尽合理之处；
但解决的方案应当是通过进一步改革，让高等学校在社会上自主生长，确立新的机制，如同国企改革那样，而不是退回到行政化的老路上来。
蔡元培当年对旧北京大学的改造，根本之处就是破除其官场性质、官僚习气和读书做官的价值观，确立大学作为研究高深学问的学术机构的属性。“副部级”高校的做法强化了大学的行政化倾向和官本位价值，助长了高校领导干部在“做官”上的攀比，在实践中已经产生明显的负面后果。
一些地方也上行下效，将高校视为行政下属，作为安排干部、安插私人的“自留地”。这种制度与培养创造型人才、培养大师、争创“世界一流大学”的目标是背道而驰的。它再一次提示我们，我国教育与世界先进水平相比，最大的差距不是技术、不是金钱、也不是人才，而是落后的制度。如果没有建立现代大学制度，没有实现制度层面的现代化，那么国家花再多的钱，中国的公立大学也与“世界一流”无缘。
1990年代以来，我国高等教育取得了突飞猛进的发展，但由于体制改革的滞后，也出现一些明显的问题。“副部级”高校是教育领域“官本位”回潮的显著一例。另外一例是经新一轮高校合并调整，部门办学的陈旧体制被基本破除。然而，它在教育部门却反而被强化。由于合并后教育部所属高校由原先的36所增加到71所，其管理职能却并没有相应改变，于是出现这些优秀大学“跑部前进”、甚至不得不设立驻京办事处的怪事。
近年来，国家教育投资大幅增加，但拨款和资源配制的体制并没有改变，从而产生了一个负效应：教育部门原本应当转移、下放、缩小的行政权力反而被大大增强。
不久前，中国银行宣布，从今年下半年起，中国银行的人事制度序列中将不再出现行长、处长等行政官衔，而代之以总裁、经理等符合现代企业制度的经理人头衔，以淡化和取消企业的行政级别。辽宁省将逐步取消中小学校长的行政级别，建立校长职级制，形成职务能上能下、待遇能高能低、流动能进能出的机制。企业界能做到的，教育界能不能做到？中小学能做到的，优秀的大学是否更应该做到？