共四所：
东京大学24、
北京大学39、
京都大学60、
清华大学67。
按照上述排名，在全球大学前100名中，中日两国高校虽然都是入选两校，但日本两所大学的名次比北大、清华名次更加考前。
而另一个2013年的排名是：
2013年亚洲前20名最佳大学名单及排名变化
第一名：香港科技大学
第二名：新加坡国立大学与香港大学并列
第四名：国立首尔大学
第五名：（中国）北京大学(上升1名)
第六名：韩国科学技术院(上升1名)
第七名：韩国浦项科技大学与香港中文大学并列
第九名：（日本）东京大学(下跌1名)
第十名：（日本）京都大学与新加坡南洋理工大学并列
第十二名：香港城市大学
第十三名：（日本）东京工业大学
第十四名：（中国）清华大学(上升1名)
第十五名：（日本）大阪大学(下跌4名)
第十六名：韩国延世大学
第十七名：（日本）东北大学(下跌3名)
第十八名：（日本）名古屋大学(下跌4名)
第十九名：高丽大学(上升2名)
第二十名：（日本）九州岛大学(上升2名)。