与审理民事合同一样，人民法院对于行政协议案件的审理，首先应当准确判断协议的效力。由于行政协议具有行政性和合约性的双重特质，因此，法院在审查判断行政协议效力时，既要审查其合法性，又要审查其合约性。在法律适用上，既要适用行政法律规范，也应当适用与行政法律规范不相抵触的民事法律规范。在合约性审查问题上，应当特别关注可撤销的行政协议的审查判断。
《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第十四条规定：原告认为行政协议存在胁迫、欺诈、重大误解、显示公平等情形而请求撤销，人民法院经审理认为符合法律规定可撤销情形的，可以依法判决撤销该协议。实践中对于此类案件的审查判断应注意以下问题：
一、“胁迫”的举证责任 构成“胁迫”一般应当满足两个条件，一是行为人实施了以侵害相对方利益为要挟的行为；二是基于行为人的要挟，相对方作出了违背其真实意思表示的行为。在国有土地房屋征收、集体土地征收补偿协议案件中，行政相对人往往主张系受到行政主体的胁迫而签订补偿协议，对此应按照“谁主张、谁举证”原则，由主张“胁迫”的当事人承担举证责任。但需要注意的是，由于实践中行政相对人处于弱势地位，加之法律意识较为薄弱，很难收集到“受胁迫”的直接证据举证。因此，行政协议案件中，对于“胁迫”的审查，除了要审查行政主体是否有以给公民及其亲友的生命健康、荣誉、
名誉、财产等造成损害，或者以给法人的荣誉、名誉、财产等造成损害为要挟的直接证据外，还应当结合订立行政协议的时间、地点、过程等因素，综合予以判断。例如 2019 年 12 月 10 日最高法院行政协议司法解释新闻发布会上通报的王兆明诉江苏省仪征枣林湾旅游度假区管理办公室房屋搬迁协议一案中，虽无直接证据证明相关拆迁人员对王兆明采用了暴力、胁迫等手段，但考虑到协商的时间正处于盛夏的 8 月 4 日，王兆明的年龄已近 70 岁，协商的时间跨度从早晨一直延续至第二日凌晨一点三十分左右等，综合以上因素，法院难以肯定王兆明在签订搬迁协议时系其真实意思表示,有违行政程序正当原则。据此，判决撤销被诉的房屋搬迁协议。
二、“欺诈”的构成要件 《最高人民法院关于贯彻执行<中华人民共和国民法通则>若干问题的意见》第 68 条规定，一方当事人故意告知对方虚假情况，或者故意隐瞒真实情况，诱使对方当事人作出错误意思表示的，可以认定为欺诈行为。行政协议案件中，对于是否构成“欺诈”应当从以下四个方面综合认定：一是行为人有欺诈的故意。即是指明知自己的陈述是虚假的，并可能导致向对方陷入错误认识，但希望或放纵这种结果的发生。欺诈的故意包括两方面：一是陈述虚伪事实的故意；二是诱使他人陷入错误认识的故意。行为人是否有故意，主要应当从行为动机、知识经验以及其所处的客观环境等方面进行判断。二是行为人实施了欺诈行为。例如诱骗相对人在空白协议上
签字，后又在该协议上填写其他内容；故意歪曲解释协议条款，作出对相对人有利的解释，诱骗其签字；在签订协议时未向相对人告知相关政策，诱骗相对人在不利于自己的行政协议上签字；在缔约时诱导相对人忽视协议的关键内容；如此等等。三是被欺诈人因欺诈而产生了错误的认识。即对协议内容及其他重要情况的认识缺陷。四是被欺诈人因错误而为意思表示。即被欺诈人的意思表示与欺诈行为之间具有因果联系。实践中需要注意的是，行政相对人作为完全行为能力人，有责任自行收集信息、作出决策并对自己的缔约行为负责。对于相对人主张在空白协议上签字、忽略协议关键条款、不了解相关政策等继而在行政协议上签字构成“欺诈”的主张，如其不能提供相应证据予以证明，均应当认定行政相对人未尽到合理的注意义务，而不能简单的推定行政主体存在“欺诈”。
三、“显失公平”的审查认定 显失公平的行政协议，是指一方利用对方处于危困状态,缺乏判断能力等情形,致使订立行政协议时双方行政法上的权利义务明显不对等，另一方遭受重大不利的协议。《民法总则》第一百五十一条规定：一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。行政协议案件中对于显失公平的判断应当结合主观要件和客观要件两个方面的因素予以考量。在主观要件方面，要看行政主体是否故意利用其行政管理等优势或者相对人的草率、
无经验等订立合同；在客观要件方面，要看当事人之间的利益是否存在不平衡，即一方当事人将承担更多的义务而享受极少的权利或者在经济利益上遭受重大损失，而另一方则以较少的代价获得了极大的利益。但需要注意的是，即使存在事实上的利益失衡，但受损害方未能提交充分证据证明其存在“不得已而选择”的情况的，仍不能被认定为显失公平。例如在国有土地房屋征收补偿协议案件中，协议所确定的补偿金额可能确实略低于法定补偿标准，只要是当事人自愿签订的，即不能认定显示公平。如果补偿协议所确定的补偿金额明显低于法定标准，则应当重点审查协议有无欺诈、胁迫、重大误解、乘人之危等情形，对补偿金额予以适当变更。