1975年，伊斯坦布尔。一个是有婚约在身的30岁富家少爷凯末尔；另一个是少爷的远房穷亲戚、18岁的清纯美少女芙颂。像多数的爱情故事一样，他们的爱情也始于一段美丽的邂逅――凯末尔去精品店给未婚妻茜贝尔购买名牌包，却意外巧遇多年不见、出落得美丽漂亮的姑娘芙颂。谁都不知道，故事已经开始了， “我看见自己的幽灵从身体里走出来，正在天堂的一角抱着芙颂亲吻”。
正如纳博科夫所说，“命运总是在无人理睬时才显出其本色”。是命运的铺排，还是欲望的纠葛，又或是爱情的萌芽，不管怎样，凯末尔和芙颂发生了一切能够发生的关系――他们互相紧搂着，贪婪地接吻，吻得那样投入，以至于他们觉得可以“走到最后”地做爱，大汗淋漓。这一刻，他们并未意识到，此后两人的命运会如此纠葛难分，他们将永远印记在彼此的生命中。
离订婚的日子越来越近，凯末尔愈加发现自己真正爱着的是芙颂，只有在跟她相处时，他才真正快乐。不过当芙颂要求凯末尔作出最终抉择时，凯末尔还是选择如期完成订婚，虽然在外人看来完美到极致的订婚仪式上，他都魂魄出窍，不由自主地关注着以亲戚身份前来的芙颂的一举一动。
于是，芙颂消失了。
生活对孤零零的凯末尔而言，只不过如法国诗人奈瓦尔的一句诗所描述的， “粗俗的消遣”，一切都是无意义的，都会惹怒他。他依然每天准时回到当初他们约会的地方，期待有一天奇迹出现；他不停抚摸嗅闻芙颂留下或触碰过的物件，甚至借此自慰；他在伊斯坦布尔的街道中如鬼魂般游荡， “像看见幽灵那样看见了芙颂”；同时他无法直面未婚妻茜贝尔，抑郁难言，也无法正常和她做爱，关系渐趋恶化。
到此，小说描写的都是欲望以及对欲望的挣扎。凯末尔与芙颂的恋情，开头当然是性的吸引在起作用。芙颂身材窈窕，且参加过彼时看来颇令人侧目的选美大赛，这些细节似乎在暗示富家子凯末尔可试试与她交往，但又不必太过负责。
然而常识告诉我们，以欲望开头的故事，从来不会以欲望终结。伴随着肌肤之亲的快感与逐渐膨胀的性欲，两人也同样感受到了一种似乎朝向天堂驶去的幸福感。我相信这种幸福是脱离性本身的，是始于欲望而摆落欲望的，它逼视人们返观内心最隐秘最柔软的地方。在做爱的过程中，与其说凯末尔在探寻芙颂的身体，毋宁说是两人在各自经由对方的进入来探勘自己的身体。如果我们留心书中提到的压抑人的大环境，那对这两人对于性的无尽好奇也就不会惊讶了。如果小说仅仅如此，那至多是一则关于欲望与沉溺欲望的故事，但相反，一切不过以色欲的沉迷来开头而已。
当芙颂不告而别，凯末尔开始慢慢剥去覆盖自己灵魂的那层欲望，逐渐正视内心的感情。他得究问自己对芙颂的感情是一时兴起的猎艳还是发自内心的长久依恋；他得面对那个在众目睽睽之下与自己订婚并且自始至终毫不知情的茜贝尔――是选择遵从大多数人的意愿的美满生活还是听从内心而舍弃这份婚约；他得跨越横亘在自己爱情中的种种世俗律令与阶层差异――是继续成为体面的世家人物还是不惜遭人嗤笑。所有的选择都是硬币的两面――失去这个，占有那个。
终于在时隔339天之后，凯末尔找到了芙颂，此时的芙颂已为人妻，而他们的见面竟是荚颂家人的特意安排。他们希望凯末尔因为爱芙颂而愿意掏钱给费利敦拍电影，并让芙颂成为电影明星，换言之，凯末尔只是被当作一个有钱亲戚来看待。这是一个很有意思的设置，它让小说拥有了不可思议的纵深――人如何面对自己感情的质变?当感情掺有杂质，我们能看清自己究竟是爱对方，还是爱自己的回忆吗?不过，洞察一切情况的凯末尔仍然选择驻留在芙颂身边，因为“幸福仅仅就是靠近所爱的人”。而这种靠近在本质上是以不停取消自己真正个性为代价的。
持续8年与芙颂在一起，却又非情人关系，使得凯末尔逐渐学会把人生看成一个个可分割的时刻，而为换取这一刻的幸福，情愿用一个世纪去等待。这种暧昧难言的关系。实质表达了小说的第二要义――我们该如何对待占有本身?所谓的长相厮守，究竟是对于爱情的看重，或只是为了一己合理占有对方而造就的别名?如果爱人终将只是他人的爱人，我们该如何收束自己的感情?当所爱之人离自己不过是毫发之遥，内心的距离与世俗的拘限却迫使我们将咫尺看作天涯。这样的暧昧难堪我们又该如何平复?在内心欲望波澜起伏时，凯末尔找到了他的安抚之法一慢慢收集芙颂爱过的一切物件。
仍然有不可思议在发生。历经8年的等待，芙颂和凯末尔终于有望能重新在一起了，费利敦与芙颂也离婚了。他们在酒店房中终于等到了再度相融的一刻。在汗水、尖叫、喜悦中，他们似乎“走到最后”了。然而世界在距离美好只剩一步时，来了个急转弯!为了找到那只对芙颂意义重大的耳坠，刚学会开车的芙颂驾车疾驶回酒店。可是，芙颂用105公里的时速，将车子交给一棵105年树龄的枫树。
芙颂死了。
从之前的欲望到再度相见的占有。现在的主题则是回忆。前两者其实都与欲望有关，因为爱人还在。如今爱人故去，尽皆虚幻，凯末尔对芙颂的想念开始慢慢变成“一种和过去以及回忆有关的幻想”。回忆的痛苦就在于它已明示所有的回忆终究只能是回忆，纯是“可怜自己”。为了回忆，凯末尔慢慢萌生了建造“纯真博物馆”的念头。他用15年的时间走完1743个博物馆，创造出独一无二的“纯真博物馆”，那里摆放着有关他和芙颂的爱情故事的所有物件。凯末尔的余生都在为建造这座博物馆而耗尽心力。在他62岁那年的4月12日，他死于心肌梗塞。那天也是芙颂50周年的诞辰日。
如果一段感情最终的归属地是一座博物馆，这是对爱情的景仰还是对世俗的嘲笑?《纯真博物馆》表达的并非“爱情”本身，毋宁说是“纯真”本身：到底有没有一个纯真的世界能安置人世间一切纯真的感情?当人们发现自己的纯真感情注定颗粒无收，我们能否继续纯真?我们又愿意为这种纯真付出多少代价?博物馆世界不属于现实世界，它属于过往，也属于未来，可偏偏不属于当下。
是的，最后一切都会好的，虽然只是在博物馆中。