成为普通囚犯 2010年11月11日，台“最高法院”针对陈水扁夫妇所涉系列弊案中的“龙潭购地案”、“陈敏薰买官案”做出终审判决，分别判决陈水扁夫妇有期徒刑11年和8年，并随后裁定合并执行17年半。12月2日下午，台“高检署”正式将陈水扁从台北土城看守所移送到桃园龟山的台北监狱。由此，陈水扁结束了他在看守所700多天的羁押日子，正式开始了他的牢狱生活。
入监程序没有特殊。在警方的重兵戒备下，押送陈水扁的囚车抵达台北监狱。狱方表示，陈水扁已无卸任领导人礼遇条例保障，他将与一般服刑人的入监程序相同，甚至必须同样接受全身脱光检查；且入狱后将告别他那光鲜油亮的“西装头”，转而剪成3厘米长的平头；同时也将告别西装革履，换穿铁灰色冬装囚服。
入狱后，陈水扁的收容人编号为1020，并与一名温和欺诈犯人同住在一间1.2坪（约合4平方米）的舍房。监舍设施简陋，只有一个固定小木柜、一台抽风机、一台吊扇、一个马桶，没有床，睡觉只能睡在木制地板上。此外入狱后台北监狱将以代号称呼犯人，因此不会出现“陈水扁”的名字，舍友间也是以“同学”称呼。依“监狱行刑处遇累进条例”，陈水扁目前还不能享受看电视、听收音机的待遇，会客也只能每周一次，未来待遇能否提高则要看他在狱中的表现。不过，基于陈水扁的特殊身份，狱方表示为了扁的安全，不会安排他与其他犯人一起放风，而是安排他在监舍中央走廊活动筋骨；不会安排他与其他犯人集体就餐，而是将和同舍犯人单独用餐；也不会安排他与其他犯人一起到工厂劳动，而是找些细软手工让他在监舍做。
在陈水扁正式移监过程中，不少“独派”分子守候在看守所外，大喊“阿扁无罪、释放阿扁”，一些人甚至还试图接近包围囚车，引起警方的高度戒备。此外，扁系势力还扬言要成立“救扁小组”，希望美国等国干预台湾的司法。无怪乎国民党“立委”邱毅等人会讽刺这些人别将台湾的脸丢到国际上去了。至于陈水扁夫人吴淑珍的移监问题，台“高检署”也决定将其送往台中女子监狱培德医院进行服刑。然而，不少“独派”势力趁机煽动悲情，宣称吴已风烛残年，不能到监狱服刑，甚至其女陈幸妤还威胁如果吴淑珍死在监狱会控告马当局“过失杀人”，完全罔顾司法的正义。
狱中不甘寂寞
在入监服刑前后，老谋深算的陈水扁抓住一切机会，频繁通过探视他的亲友或扁系势力向外传话，试图展示其政治影响力。
一、通过“一边一国连线”凸显其政治影响力。基于在五都选举中以“挺扁”为诉求的“一边一国连线”展现了不俗的实力，陈水扁进一步要求其亲信将 “一边一国连线”朝派系发展，尽快推举召集人，联络县市筹组后援会及组织干部，扩大其版图，期望通过串联绿营各派势力，壮大“新扁系”的势力，在下届“立委”选举中继续攻城掠地，甚至扬言“一边一国连线”不排除在2012年“大选”推出候选人。有分析指出，之所以陈水扁频频放话，是因其在深绿当中仍有相当大的影响力。
二、通过“政治献金名单”继续“绑架”民进党。为了防止民进党与其彻底切割，陈水扁抓住民进党内天王害怕拖其下水的机会，每到关键时刻便声称要对外公布资助民进党内政治人物的名单。五都选举前陈致中选情吃紧之际，陈水扁通过扁办主任陈淞山对外放话，宣称扁办已整理好陈水扁八年任期内政治捐助清册，拟于五都选举前公布。后来又表示，担心冲击民进党的选情，打算在11月30日公布。不过，当陈致中高票当选后，他又表示暂时不公布这份名单。陈水扁一再释放政治献金的话题，无非是想借此继续“要挟”民进党。
三、通过点评岛内政局频频对民进党下指导棋。五都选举结束后，陈水扁针对党内一片欢欣庆贺之声，迎头泼了一盆冷水，表示民进党实际上是遭受挫败，主要原因在于没有抓住竞选主轴，没有强调“国家认同”，也不敢提出反对ECFA，因此选后民进党应检讨路线。不过，针对“公妈派”对蔡英文的呛声，陈水扁眼见蔡的地位稳固，于是见风使舵，称已要求“一边一国连线”成员全力支持蔡英文继续担任民进党主席，领导民进党迈向执政之路。对于民进党2012年人选，他认为将是“蔡上苏下”，并表示苏贞昌应退居幕后，全力辅佐蔡英文。陈水扁之所以发话，无非是想在选后民进党内的权力、路线之争中凸显自己而已。
民进党首鼠两端
面对陈水扁的入狱，民进党处境非常尴尬，既想与扁继续“柔性切割”，又害怕得罪扁系势力，于是被迫采取两面手法。
一是希望继续摆脱扁贪腐对其形象的损害，与扁“柔性切割”。贪腐的陈水扁让民进党形象严重受损。民进党为避免扁的入狱服刑再次对其造成伤害，尽量低调回应，甚至回避。民进党发言人林右昌称，希望社会各界在扁服刑过程中，给予尊重及妥善安排，民进党会持续关注陈水扁，并请他保重身体。对扁办成立“救扁小组”，民进党党中央也采取回避态度，表示不清楚状况；“立委”李俊毅则称，他们尊重扁办的行动，但民进党是否参与，短期内很难决定。这表明为扁的贪腐付出沉重代价的民进党，害怕扁案继续伤害民进党，因此采用了当前的“柔性切割”方式。
二是不敢得罪扁系势力，甚至寻求与新扁系的合作。民进党中央本想“暗中耗扁”，降低扁系势力的影响力。因此在五都选举之初出台禁止跨党联合竞选的规定，防止“一边一国连线”的无党籍成员冲击民进党选情。且在民进党权力改组中，极力排挤扁系势力，导致扁系在中常委中只剩陈其迈一席。但是，在扁案判决的“悲情效应”发酵后，新扁系势力“一边一国连线”在五都市议员选举中颇有斩获，成为绿营内部一股不容小觑的力量。在这种情况下，民进党不敢轻易得罪扁系势力。因此，在吕秀莲批评民进党无情无义、没人去探望扁之后，民进党发言人林右昌极力辩解，表示民进党一直都很关切陈水扁。同时，在五都市议长的争夺中，民进党寻求与新扁系的合作。更有舆论指出挺扁大将郑新助回归民进党与陈致中加入民进党高雄市市议会党团运作是民进党与新扁系关系慢慢转暖的象征。
舆论反应热烈
从昔日的“台湾之子”沦为今朝的“台湾之囚”，陈水扁的经历不禁让人唏嘘感叹，岛内舆论对此议论纷纷。
一是认为陈水扁入狱玷污了台湾民主。《联合报》认为陈水扁背叛了台湾人民，辜负了支持他的台湾人民的重托。他在任期间，不仅造成台湾经济沉沦、族群分裂、两岸相互敌对，而且大肆贪污腐化，严重伤害了台湾民众的利益，更严重伤害所谓的台湾民主。不过《台湾新生报》认为，台湾能将贪渎的领导人依法处置，反映了法治的作用，陈水扁的入狱正是“台湾法治最好的反面教材”，对民众有很好的警醒作用。
二是认为陈水扁仍是民进党转型的“绊脚石”。民进党至今仍不敢与扁彻底切割，一方面是因为害怕陈水扁仍握有他们的把柄，逼急了会公诸于众；另一方面是因为担心彻底切割引发深绿不满，因而被迫采取骑墙手段。但这对蔡英文领导的民进党转型来说是一个巨大的障碍。民进党大佬林浊水提醒，虽然社会肯定民进党切割的效果，但陈水扁仍在选情激荡下紧咬民进党，“这仍是未来的隐忧”。陈水扁不断“无线遥控”，想绑住民进党，民进党天王若自乱阵脚，无疑正中阿扁下怀，“阿扁魔咒”将成为民进党未来最大的“政治地雷”。因此，岛内舆论认为民进党要想重新取得执政权，必须彻底摆脱扁的纠缠。
三是认为陈水扁已取代李登辉成为“深绿教主”。五都市议员选战中，以“挺扁”为口号的“一边一国连线”成员共当选36席，与此同时以李登辉为精神领袖的台联党仅剩两席。经此选战，“基本教义派”的代表陈水扁已然取代李登辉成为“深绿教主”。并且陈水扁父子即使被判贪污、嫖娼，但仍有不少盲目的支持者力挺。陈水扁入狱当天，部分深绿人士不仅组织人马大喊“阿扁无罪”，而且成立“救扁小组”，企图寻求国际人权团体的援助。而其子陈致中被判嫖娼，却因假借陈水扁之名号召信众，高票当选高雄市议员，这都说明陈水扁在台湾，尤其是绿营内部的影响仍将持续。