上世纪40年代，少数宗教团体和有政治导向的非政府组织开始了公平贸易产品商业化的尝试。1946年美国创建的Ten Thousands Villages(一万个村庄)组织率先在发展中国家建立公平贸易的供应链。不过，那时的商品基本都是手工艺品，多在专门商店出售，影响有限，更多的是象征意义。
60年代，现代意义上的公平贸易运动终于在欧洲成型。1965年，另类贸易组织诞生，乐施会则发起“以销售来帮忙”活动。几年后，首个“世界商店”在荷兰开张，公平贸易法则进入零售部门。之后，西欧又出现了数十个类似商店。上世纪六七十年代，公平贸易被激进者视为一种反抗新帝国主义、抨击国际间剥削与支配的政治姿态，包括协助安哥拉、尼加拉瓜等因为政治因素被排斥出主流贸易通道的国家。但同时，它也得到包括联合国在内的广泛认可，他们提出的“要贸易，而非援助”的口号深受欢迎。
进入80年代，单纯的手工艺品已经越来越缺乏吸引力，销量明显减少。同时，农产品价格下滑对农民造成严重的冲击。于是，公平贸易的倡导者把关注的目光转向农产品，最初是茶与咖啡，然后是水果干、可可、糖等。1992年，手工艺品占公平贸易总销售的80％，其余的是农产品；到了2002年，手工艺品仅占总销售的25.4％，食物商品则增加到69.4％。
但是，即便如此，公平贸易那时还只出现在欧洲零星的世界商店，以及更少的北美世界商店，让购买者深感不便。如何能让公平贸易产品在普通商店中大量销售，又让消费者保持原有的信心，成为一大难题。直到1988年，公平贸易标签行动开始，这个难题才得到解决。这个独立的认证使得商品能进入主流市场，销量大增；同时也能追踪产品的来源，以确保供应链另一端的生产者获得利益。之后，北美及欧洲出现了多个类似的非营利公平贸易标签组织，并于1997年催生了国际公平贸易标签组织(FLO)。2002年，FLO发起一个新的国际公平贸易认证标签，以提高该标签在超市的识别度，简化进出口，便利跨境贸易。与此同时，经济全球化背景下非传统贸易组织开始大规模联盟，也是公平贸易的一个新特点。
公平贸易标志与组织的联盟，不仅促进了公平贸易市场的扩大，也开发出更多的新市场。相关产品的种类也日益多样，新产品销量剧增，老品牌销量也在稳步前进。2005年，全球公平贸易销售额约11亿英镑，并以约37％的速度逐年增加。2006年10月，FLO认证了58个发展中国家的586个生产组织。欧美发达国家的销售额飞速增加，遍布亚非拉的发展中国家的劳动者从中受益。