２００５年８月“高雄弊案”发生后，陈水扁亲信陈哲男等及其亲家赵玉柱先后卷入弊案，随着案情不断向上延烧，陈的妻子、女婿，甚至陈本人也卷入弊案漩涡中。 近年来岛内时有陈水扁家族涉及弊案的传闻，但都因缺乏有力证据不了了之。今年４月８日，台北地检署侦办陈水扁办公室前副秘书长陈哲男涉入ＳＯＧＯ百货股权争夺案时，发现陈水扁之妻吴淑珍涉入其中。但陈水扁办公室先是信誓旦旦表示，如果总统家庭任何人收受ＳＯＧＯ礼券，陈水扁愿意辞职下台，但在充分证据面前又不得不承认吴淑珍曾使用礼券在ＳＯＧＯ百货购物。此后，陈水扁办公室副秘书长马永成也卷入丑闻。
与此同时，台湾“监察院”于４月２５日公布的资料显示，吴淑珍将名下的信托存款拿去炒股，获利４０００多万，陈家庭财产“假信托真炒股”的内幕被揭出，吴淑珍虽被迫将获利捐给公益事业，但民进党内对陈水扁的反弹也空前高涨。
前一波弊案余波荡漾之际，“爆料大王”邱毅又在５月１０日公开点名陈水扁女婿赵建铭涉嫌台湾土地开发投资公司（简称台开）股票内线交易，短期内牟取巨额非法利益（当时传言获利达数亿之多）。尽管陈水扁办公室对此全盘否定，但赵建铭还是于５月２５日正式被“收押禁见”。赵成为陈水扁家庭卷入重大弊案而被收押的第一人。此后，台检调单位又进一步发现，赵建铭不但涉嫌利用至少八个人头账户进行洗钱，金额超过６４００万之多，而且向商界索贿，炒卖“豪宅”、“卖官鬻爵”，其涉及的弊案越查越多。迫于党内外的强大压力，陈水扁在５月３１日不得不对外宣布“权力下放”，将“总统”职权以外的党政决策权全部让出。
５月２６日，国亲两党主席马英九与宋楚瑜针对“总统罢免案”达成共识，２７日，亲民党发起“全民连署、阿扁下台”活动。３０日，国民党“立委”丁守中向“立法院”议事处提出“总统罢免案”，台湾“立法院”对现任领导人史无前例的罢免程序正式启动。与此同时，陈水扁也开始全面出击，包括抛出“多数党组阁”以图分化泛蓝，以吴淑珍病危、女儿即将临盆等“悲情诉求”寻求民众同情。马英九与宋楚瑜于６月１３日达成共同推动罢免案的共识。２７日“立法院”对罢免案进行记名投票表决，表决中李登辉的台联党投下弃权票，以示与陈切割。最后，由于民进党全力“挺扁”，罢免案仅获１１９票，未达“立法院”通过罢免案所需总席次（２２５席）２／３的门槛，陈水扁逃过一劫。
６月２３日，曾与吴淑珍关系密切的“台湾红”公司董事长李惠芬揭露，吴淑珍涉嫌利用他人发票报销陈水扁专用的“国务机要费”。台有关部门在舆论压力下也开始着手调查此案，结果发现陈水扁办公室确实存在“做假账”的问题，其中高达近亿元费用去向不明。由于这笔费用只能由陈水扁用于公务所需，因此，该案已清楚表明陈水扁已涉及弊案。而在８月４日，邱毅又再度公布陈水扁在银行开设秘密账户以存放来路不明的资金，使陈水扁涉嫌非法的证据再添一笔。
随着弊案越滚越大，绿营内部的“倒扁”声也越来越高涨。７月１５日，一向与民进党及陈水扁关系密切的，共８０名涵盖学运、社运、文教的“亲绿”人士发表公开声明，要求陈水扁为了台湾的“民主”前途，自动辞职下台。８月９日，前民进党主席施明德在民怨沸腾的情况下，站出来登高一呼，要求陈水扁在失去人民信心的最大危机时刻，“勇敢认错，鞠躬下台”。紧接着，施明德发起“百万人民倒扁行动”，号召百万人一人捐１００元，作为“倒扁”活动经费，一旦捐款人数达到１００万，他就带领民众一起在陈水扁办公室前静坐，“不是陈水扁倒，就是我亡”。１９日，４４人与陈水扁关系密切的律师界代表，也发表要求陈自动下台的声明。此后，一些从不过问政治的宗教界领袖也加入“倒扁”行列。３０日，陈水扁称：绝对不允许用体制外的非和平手段或暴力方式，推翻政府体制运作或破坏宪政秩序。恰在此敏感时期，“第二届真相调查特别委员会”于８月２２日公布了对２００４年大选期间的“３．１９枪击案”的第二份调查报告，认定“枪击嫌疑犯陈文雅绝不是意外落水身亡或者自杀，极可能是遭他杀并弃尸”。报告对陈水扁“执政”的合法性提出质疑，陈水扁又遭一击。而施明德发起的“倒扁”募款活动也在短短七天之内，达到捐款人数过百万、金额过亿的目标。“百万人倒扁行动”总部决定于９月９日起正式启动全面静坐。
９月５日，正在“出访”的陈水扁，面对媒体第一次承认收受礼券和报假账，但又坚称：没有一毛钱流进自己口袋。有关办案人员对陈的表白“不予置评”，“请大家拭目以待”。