多数绍兴的老式建筑，都隐藏着无数精彩的人文故事。同样，在绍兴城北有一条长不过百米、宽不足两步的寻常巷陌：笔飞弄。小巷的深处，坐落着一处幽静的大院，便是蔡元培的故居。 故居建筑始建于明代晚期，是一座颇有绍兴特色的明清台门院落，占地1856平方米，建筑面积1056平方米，为蔡氏祖父以下几代聚居地。1868年1月11日，蔡元培就诞生于此，在他28岁进京任翰林院编修前及在绍郡中西学堂任职和历次返乡时均居于此，前后居住达30余年。蔡元培从小博览群书，17岁考取秀才，23岁考取举人，26岁殿试中进士，两年后又入京应教馆考试，授翰林院编修，蔡元培故居还高高挂着“翰林第”匾额，此后他又游学欧美，成为“文通古今，学贯中西”的大学者。他当过教育总长，“中央研究院”院长，北京大学校长……所到之处，无不受人景仰。特别是他在任北京大学校长期间，他那“兼容并包”的办学方针，“尊重知识，尊重人才”的作风，更为人们所称道。
砖木结构，花格门窗，乌瓦粉墙，青石板地。走进蔡元培故居，映入限帘的依次为门厅、大厅、座楼。门厅朝东，大厅、座楼为坐北朝南，门厅三开间，大厅、座楼均为五开间。门厅额悬黑底金字“蔡元培故居”匾系艺术大师刘海粟手书。出门厅可以看到一东西向长方形大天井庭院，四周摆放着苍松翠柏。点缀着丹桂花卉，显得典雅、气派。庭院北侧为照壁，中开石库门，内有小天井，东西各有厢房。厢房后即为大厅，大厅现辟为序厅，厅内安放着蔡元培半身塑像，目光和蔼、睿智，一派长者风范。大厅上方悬沙孟海书“学界泰斗”匾，两旁挂有由周恩来撰、绍兴著名书法家沈定庵书挽联“从排满到抗日战争，先生之志在民族革命；从“五四”到人权同盟，先生之行在民主自由。”对联高度概括了蔡元培一生的不凡历程。
故居大厅及部分座楼现移作“蔡元培生平史迹陈列室”，分“故乡遗踪，稽山镜水育英才：从事民主革命，投身教育事业：兼容并包，孕育新北大：致力于科学文化事业，争取民主自由：功垂百世，德耀千秋”五部分，介绍蔡元培生平史迹。通过大量的图片、资料、史迹、实物生动而形象地展示了蔡元培令人景仰的一生。大厅东首另有偏房，前有一小花园，里面布置着各种树木、花草。出大厅即为座楼，这里原是蔡家族人聚居之地，座楼东侧即为蔡元培的书房兼卧室。座楼前东厢房为蔡家的私塾，这里摆放着塾师的案几和学生的课桌，与其格格不入的是里面放置着两只盛放绍兴黄酒的坛子。原来这两只坛子有着特殊的来历，旧时绍兴卫生条件差，夏天蚊子多，常扰得蔡元培读不好书，一次不经意间看到两只酒坛，他灵机一动，将其搬来放在课桌下，把双脚伸进坛子，蚊子就再也咬不到他了。一份耕耘，一份收获，如此忘我读书，也奠定了他深厚的国学基础，最终成为学贯中西、博古通今的“学界泰斗”。