1、宗族派系斗争难防范的问题。宗族派系在农村普遍存在，特别是在村“两委”换届选举时表现得尤为突出。不同家族、派系之间的矛盾在选举时集中暴露出来，相互拉拢或阻挠村民参选，各自为政，各选各的人，选票分散，致使选举不成功；使真正有能力、高素质的村民难以选入“两委”班子；有的甚至于利用家族势力，左右换届选举活动，导致上访事件增多，带来不稳定因素。
意见建议：对家族宗派势力干预换届的村，在保证村民正确行使民主权力上下功夫。一是做好宣传引导。召开村民大会进行充分的宣传，把村委会人选与村前途命运的关系讲深讲透，引导村民珍惜和正确行使自己的民主权利。二是严格投票程序，最大限度地保证选民真正意志的体现，减少了家族操纵成分。三是严厉打击违规操控选举。对违反组织原则和选举程序的，要及时纠正；对搞非组织活动，拉选票、利用家族宗派势力干扰破坏选举的，要及时发现并坚决予以制止，情节严重的，要严肃查处，确保换届工作的健康顺利。
2、选民组织难的问题。有的群众参选热情不高，部分外出村民认为：“我一个人不能决定选举结果”、“反正人不在村里，选举谁都无所谓”。因此，外出务工的农民不愿意回家参选的人数越来越多，如何确保选举人数过半数，如何保证外出选民依法进行委托投票，成为村级组织换届选举工作中出现的难题。稳定的村，群众存在“谁当选都一样”的想法，选情复杂的村，群众看到自己支持的人竞选无望时，中途退场，会议难以组织，还有的怕自己被选下来，阻止亲属朋友参加，造成选举无法进行。
意见建议：广泛宣传，注重对选民民主法制意识的引导。一是充分利用广播、电视、报刊、网络等多种宣传媒体大力宣传相关的法律法规，真正把《村民委员会组织法》宣传到位，使之家喻户晓，深入人心，增强选民民主法制意识，使选民积极投身选举；二是采取各种手段通知外出打工的选民，动员他们回家参加选举。如向全县每个选民（包含外出打工）发一份《致全县选民的公开信》，或给每个外出打工人员通一次电话，引导他们珍惜手中的民主权利，履行义务，回家参选，提高参选率。
3、村“两委”成员候选人资格认定的问题。在换届选举中我们发现多数信访问题是与参选村“两委”成员的身份问题有关，信访人多反映对候选人资格存在异议和疑虑，乡镇（街道）党委单纯的参考省市委《实施意见》中明确的村“两委”成员的标准条件，但到了具体操作中有些具体情况根据《意见规定》却无法解决。
意见建议：一是成立资格审查小组。乡镇（街道）党委成立以党委副书记任组长，纪
检、组织、公安、计生等主要负责同志为成员的换届选举工作资格审查领导小组，与村民选举委员会一并负责对村“两委”成员候选人资格进行审查把关。二是逐村细化“不得”、“不宜”情形。省委、市委和县委提出的不能推荐为村党组织成员候选人和不宜推荐为村委会成员候选人的情形，有的已经很具体，现场操作性很强。但是有的还比较笼统，像“贯彻执行党的路线方针政策不积极、不认真，甚至消极抵抗的”，现场操作性不强，需要具体化。资格审查小组要会同村民选举委员会，结合村里实际，依据多数党员群众的意愿定出自己的人选标准，逐条细化具体，标准表述要通俗、易于群众理解接受，易实际操作，切忌笼统难以理解，明确出什么样人不能选。各村细化的“不得”、“不宜”情形，要报乡镇（街道）村“两委”换届选举工作领导小组审核批准。三是加强对候选人标准和“不得”、“不宜”情形的宣传。候选人标准和“不得”、“不宜”情形确定下来，要加大宣传力度，通过广播、发放明白纸、宣传栏等多种形式，让家喻户晓，人人明白。
4、党员选举资格认定不合理的问题。做好选民登记是决定选举成败的关键，登记的第一步就是要做好选民资格的认定。这样，选民的资格认定不合理就会带来一些棘手问题。比如，对于户籍在本村，党组织关系在其它地方的党员能否参加选举、能否被提名为候选人；户籍不在本村、但在村里长期居住的，如何认定，如何参加选举；受法律法规、党纪处罚的党员选举资格怎样认定；怎样引导年轻党员参加选举，等等。
意见建议：规范操作程序，严格按照《中国共产党基层组织选举工作暂行条例》及《关于“两推一选”农村党支部成员的意见》等有关规定，明确标准条件，确保认定工作的权威性；对于的确有参选意愿的党员，党委要积极协调有关部门对其资格进行认定，引导他们通过合法程序参选；积极吸收年轻党员、有能力的党员进村党支部。对于没有入选的，可以作为后备干部，让他们参与村级事务，为村“两委”储备人才。
5、选举当中突发性、偶然性问题当场处置比较复杂，现场答复不及时的问题。
意见建议：农村换届选举工作情况复杂，突发问题多，政策性强，需要现场及时答复的问题比较多，处理起来主要是找条文、查依据，效率不高。建议建立网络沟通平台，将各地咨询请示的有关问题进行公开，供其他地方借鉴处理。