世界各国政府都在努力构建一套管理程序，来监测转基因效果及批准转基因新品种。鉴于各国各地区政治、社会情况的不同，不同政府反应不尽相同。 在日本，自2001年4月起，卫生和福利部便对转基因食品测试进行了强制性规定。眼下，转基因食品测试是一种自愿行为。日本超级市场既提供转基因食品也提供原生态食品，而顾客则更多地偏爱原生态蔬菜和水果。
印度政府未对转基因食品做出过政策性声明，因为印度没有转基因作物，商品市场也没有转基因食品在销售。然而印度很支持转基因食物研究，认为转基因食品的益处大于它所带来的风险，因为印度农业方面急需采取新的方案以应对国家的地方性贫困及喂养激增的人口。
巴西的一些州完全禁止转基因农作物，巴西的消费者保护协会同“绿色和平”组织合作为阻止转基因农作物进口而提起诉讼。然而，因为担心如果不能在全球市场上同其他谷物出口国形成竞争会受到经济损害的巴西农民却采取走私方式将转基因大豆种子运入国内。
在欧洲，反转基因示威者尤其活跃。过去数年内欧洲经历了两次大的食品恐慌：英国疯牛病和比利时的二恶英污染食物。这些食品恐慌现象削弱了人们对欧洲食物供应的信任度，民众不愿相信政府关于转基因食品的相关信息。目前，欧洲《要求商店对转基因食品张贴食品标签，欧洲委员会(EC)对“未更改的转基因产品”(unmodified foods with GM foodproducts)设立了1％的污染费门槛。
美国的监管规定很模糊，因为美国有三个不同的政府部门对转基因食品具有管辖权。简单地说，美国环保署评估转基因植物是否具有环境安全性，美国农业部评估转基因植物能否安全栽培，美国食品和药物管理局评估转基因植物是否可供安全食用。环保署负责对杀虫剂或毒素等可能会给环境带来危害的物质进行监管。
美国环保署对会危及人类健康及环境问题的杀虫剂进行了风险评估研究，对“农药残留限量”(residuelevels)及容许值(tolerance levels)进行了规定。对于作物在种植、生产和食品加工后的杀虫剂保有量都有很严格的限制。种植者必须拥有每类杀虫剂应用许可证，并遵循美国环保署在商标上设置的安全标准指示方能使用杀虫剂。政府检验员会定时参观农场以调查规定遵守情况。违反政府规定的结果是支付高额罚款、没收许可证甚至被判入狱。
美国农业部内部设有许多个部门负责转基因食品评估。这些部门包括进行实地测试并对转基因作物颁发许可证的动植物健康检疫局，执行内部转基因食品研究的农业研究服务中心，监督美国农业部风险评估项目的州际合作研究、教育与推广署。农业部关注的是植物本身的潜在危险。是否隐藏有害虫?是不是毒草?一旦远离农场，会否对本地品种造成危害?农业部有权对问题区域进行隔离，以预防可疑植物的移动，限制可疑植物进出口，甚至可以毁灭违反农业部规定而栽培的植物。许多转基因植物不需要获得动植物健康检疫局颁发的许可证，而此类转基因植物需符合以下六个标准：1 该植物并非毒草；2 该转基因植物所引入的基因材料必须是其自身染色体组的整合；3 引入基因的功能是已知的，并且不会引发植物病害；4 该转基因植物对非目标性有机体不具危害性；5 被引入基因不会导致新植物病毒的产生；6 该转基因植物不能包含动物或人类病原体基因材料。