1988年1月13日，蒋经国在无预警的状况下突然死去，台湾政坛顿时山雨欲来。虽然李登辉以“副总统”的身份继任“总统”，但明眼人都知道，谁当国民党主席，才是真正的掌权关键。就是这个关键时刻，宋美龄写了封信给当时的国民党秘书长李焕，表示党内对李登辉继任主席有疑虑，建议恢复“中常委”的集体领导模式，台湾政坛顿起风暴。
宋美龄从历史转折点败下阵来
一度有孔家人士在严家淦继任“总统”时提议，以宋美龄接任国民党总裁的方式，度过蒋介石过世所暂时产生的权力真空，遭宋美龄拒绝。蒋经国一直对宋美龄执礼甚恭，丝毫不敢大意。1978年5月，蒋经国正式接任“总统”，宋美龄以惟恐睹物伤情为由，没有回台参加蒋经国的就职典礼。返台参加蒋介石百岁冥诞之际，陆续发表长文“我将再起”、“所思所感”，被外界解读为宋美龄仍有志于政坛的呼风唤雨，但其时她已是年近九十的老人了。
蒋经国在世时，力促台湾走向民主化的道路，限制自己亲友掌权的可能，晚年还说，蒋家不会再有人选“总统”。蒋经国在选定的接班人孙运璇中风后，提拔本省籍、出身农业系统的留美学者李登辉出任“副总统”，提拔多位台籍精英与经济官僚系统，蒋经国摆明了要来一场接班设计。不过蒋经国故世后，国民党主席问题变成烫手山芋。当时担任国民党“中评委”主席的宋美龄，按照党的制度，由陈立夫转达希望维持集体领导的意见，让秘书长李焕、“台湾行政院长”俞国华伤透了脑筋，迟迟不敢作决定。
虽然蒋经国的这几位顾命大臣商定推举李登辉担任主席的提案，就在“中常会”的前一天，蒋经国的三子蒋孝勇致电俞国华，传达宋美龄的意旨，劝告俞国华等人不能提出由李登辉任“代理主席”的提案。美国等各方势力，对国民党接班人问题高度重视。赵少康等国民党新生代“立法委员”，更是要求党内循民主程序尽快让李登辉接任“代理主席”。没想到在“中常会”中，原本应该领衔提案的俞国华迟迟没有动静，夫人派颇有占上风的气势，时任国民党副秘书长、青壮派精英宋楚瑜发挥了“临门一脚”的功力，当场力斥国民党迟迟不处理代理主席问题有背民意与民主原则，严正抗议并立即退席，会议主席俞国华下不了台，只有无异议鼓掌通过李登辉代理主席案。宋楚瑜从此成为李系人马的顶梁柱。一击不中，宋美龄也了解到时不我予，蒋家逐渐淡出政坛的时刻已到。
宋美龄赴美就医不得闲
1991年9月，94岁的宋美龄决定赴美休养，与随同一行人，搭乘“华航”公司准备的专机前往纽约，当时的“总统”李登辉、“副总统”李元簇夫妇均亲往送机。
宋美龄刚离台，民进党籍的“监察委员”林纯子就开始调查宋美龄租用“华航”专机是否涉及公器私用或是违背有关规定，“华航”提供包机是否有图利他人的嫌疑？林纯子跟着也调查蒋介石与宋美龄的士林官邸，是否产生占用台北市政府地产的问题，民进党台北市议员从旁配合，力闯宪兵把守的士林官邸要求探勘，更提案要求台北市政府收回用地。甚至宋美龄为了表示不再留恋，赴美时带去所有的私人用品，也被质疑者指控是卷带国宝出境，由于总计约有97箱行李，虽然事后相关人员证实，这些物品不过是宋美龄自用的衣料、旗袍、日用品、家具、杂物，甚或最多是些个人的书画、摆设的收藏品，但也反映出当时台湾社会的动荡与分歧。蒋家的大家长走了，从此宋美龄长期停留在纽约长岛蝗虫谷的住宅。
1994年9月，替宋美龄掌理“妇联会”业务的“孔二小姐”孔令伟因为直肠癌住院，宋美龄也迅速自美返台，探望与她最亲的这位外甥女。李登辉夫妇等人行礼如仪地前往桃园机场接机。这次返台，宋美龄一行人已经低调许多，只是包下“华航”的头等舱。即便如此，大批民进党人士与地下电台的支持者，还是打着标语包围机场，打算前往冲撞，台湾警方出动了大批镇暴警察才稳住局面。宋美龄在台湾住了约一个星期返回美国。孔令伟在同年11月病逝台北，随后遗体运往美国纽约安葬，伤心的宋美龄此后再没有回过台湾。
二战胜利50年
宋美龄在美重拾风光
1995年正逢联合国成立50周年。50多年前，宋美龄以杰出的风度气质、流利的英语亲往美国国会与各大城市演说，要求协助中国抗战而引起轰动。因此美国会议员有意借纪念二次大战与联合国成立的机会，重邀宋美龄到国会演说，无疑颇有“遥想公瑾当年”，让人重温宋美龄国会演说的味道。偏偏打着“务实外交”旗帜的李登辉，也排定于当年重访美国母校康涅狄格大学，两股势力的撞击，不但让台湾方面处理得相当尴尬，也使宋美龄这场历史性演说失色不少。
台湾“外交部”一开始就定位，宋美龄的演说仅限于美国方面纪念性地向二次大战仅存的重要政治人物宋美龄致敬。民进党“立委”江鹏坚、颜锦福更以质疑的角度指出，宋美龄已经是过去式人物，更曾造成国民党党内纷争，因此无法代表全部的台湾人民，甚至还质疑宋美龄可能借演说到美国“告洋状”，对台湾也未必有利。台湾“外交部”随后也正式表示，美国国会计划为宋美龄举办欢迎会，起源自部分旅居华盛顿的华裔人士希望借庆祝联合国成立50周年的机会向宋美龄表达敬意，无须太多的政治联想。
1995年6月8日，李登辉抵美，随即指派幕僚送两打红玫瑰向宋美龄致意。宋美龄在7月26日于国会议员致敬酒会中发表演说，稍后前往台湾在华府的据点――双橡园，接受600多名侨胞与台湾朋友的欢迎酒会。
宋美龄在这场充满历史回忆的演说中，表达了美国已经是她的第二故乡，而她也衷心感谢美方在二次大战期间，对中国的物资与精神援助，她也强调中国人民将会一直是美国人民的良好伙伴。比起过往的呼风唤雨、掷地有声，年近百岁的宋美龄的确已然伫足在历史的过往中。
在台湾政海始终难免惹尘埃
作为蒋家的图腾代表，宋美龄始终摆脱不了各种纠葛、批评、攀附、解读，国民党故臣赞美她，反对派人士批判她，大家各取所需，终于成为一个诡异的台湾现象。民进党始终以斗争蒋氏家族为手段，尤其在陈水扁于1995年取得台北市长执政权后，更把打蒋当作一种挑战威权的施政方法，除了强行拆除蒋纬国住所的违建外，开放宋美龄与蒋介石故居的士林官邸为花卉音乐公园，便成了他施政的重点项目，惟独官邸正房将留待宋美龄百年后再行开放。民进党人士并打出开放“御花园”的口号，随即在官邸内举办集体婚庆等活动，争取受惠的市民支持。另一方面民进党“议员”也要求将建于阳明山境内，用作国民党党史会的阳明书屋立即归还台北市管辖。
在陈水扁要连任台北市长却遭到马英九阻遏时，民进党“立委”蔡同荣还公开质疑宋美龄有意借支持马英九，推动成立“两岸和平统一促进会”，在台湾建立第二政权以威胁李登辉。但对泛蓝阵线而言，宋美龄的推荐却被解读成票房的保证。一封由宋美龄署名，支持国民党提名的连战、萧万长组合，保卫国民党生机的公开信在媒体上披露，让当时的选局顿起风波，不但亲民党立刻质疑这封信是由国民党大佬秦孝仪捉刀，国民党也马上炒作“弃宋保连”的议题。虽然最后连战也没有当选，但是这封信对选举结果的影响威力到底有多大，也没有人敢轻易否认。身为国民党“中评会”主席的宋美龄，也在国民党面临失去政权、亟须改造之际，由幕僚宣布完成党员重新登记工作，成为国民党终身党员，给予国民党雪中送炭的感觉。
民进党掌握权柄后，也深切了解到宋美龄对于台湾岛内部分族群的高度象征意义，因此仿效李登辉，对宋美龄维持一定的礼节与敬意。但宋美龄的生日场面一年不如一年热闹也是事实，这固然反映了政治现实上，蒋家势力的快速衰退，也体现出李登辉在手握大权后，未必有如过往般对宋美龄执礼甚恭。蒋孝勇曾抱怨，李登辉早在1996年就把蒋经国的办公室搬到桃园大溪头寮的奉厝处，又违反了曾答应宋美龄暂不公布关于蒋介石大溪档案的允诺，是李登辉对宋美龄的“毁约”。
1991年带着自己所有的行李离开台湾后，宋美龄就未曾表现过对台湾这个孤岛的留恋。2003年，宋美龄以106岁高龄在美国纽约曼哈顿的家中仙逝。