码头文化一直是小清河在济南人心中难以抹去的回忆。随着小清河一期治理工程竣工，二期工程的逐步完善和推进，“让小清昔日码头文化重新绽放”的希冀已渐渐在小清河的碧波画舫间流淌出来。济南传统的商埠码头区依稀再现旧时繁荣，小清河独具魅力的码头文化愈发活色生香。
作为山东省内的一条内河，历史上小清河担负着重要的运输任务，码头文化十分繁荣。尤其在盐运上，其地位十分重要，故又有“盐河”之称。其运输的主要货物是原盐，其次是水产品和当地所产粮食及土特产品。
小清河为使航运便利，沿途建有许多港口。如邹平县的魏桥港，坡庄港，高青县的岔河港，寿光县的羊口角沟港等。济南的港口主要有黄台港和济南港。建于光绪年问的板桥码头又被称作黄台桥码头，一直是小清河沿线吞吐量最大的港口。济南港于1955年12月4日组建，也叫成丰桥码头，后来由于工商河淤塞，于1960年关闭。现恢复建设的“盐仓遗址”是小清河航运历史的见证。
小清河还使济南缘运而聚商，倚商而成市，随市而显貌，并成为齐鲁经济重镇。济南曾经是个发达的内陆港口城市，1904年济南自主开辟商埠，成为中国第一个开埠的内陆城市，当时航运繁荣的小清河为济南的开埠发挥过重要的作用。昔日小清河碧水平缓，绿柳夹岸。河中鹅鸭戏水。水产丰饶，船桅林立，岸上纤夫成行。民国初年尚可自济南西门登船离岸，沿西护城河出城直抵渤海。
那时的小清河依然生机勃勃。彼时的媒体如此描述小清河盛景――“河面上有大小1600余只船在昼夜不停地来往行驶着。沿河各码头旁云集着船舶。码头上，地排车与小车正忙碌地搬运货物。济南出产的工业品如火柴、轧棉花机、切面机布匹，正经由这里运输到各地去。济南人民日常生活中所需要的粮食，煤炭油盐菜蔬，则经过小清河由长清，高苑、桓台，淄川。博山，广饶寿光等地，源源不断地运来。乌油油的煤炭，山似的堆积在小清河畔。”
济南盐业公司工作人员介绍，上世纪50年代在黄台码头旧址附近，小清河南岸边，四座盐业仓库一字排开，即便如此，活多的时候仓库里根本放不下，很多盐袋就堆放在仓库外。上世纪70年代之前，小清河的水位还很高，水运也很畅通。然而到了80年代，小清河的水位逐渐下降，因河道淤塞，船只日渐减少，运输能力已大不如前。再加上铁路运输汽车运输的发展，小清河水运逐渐式微，繁荣的码头也渐渐退出了人们的视野。
济南人是有恋水情结的，流着污水的小清河令人痛心。而更让济南人无奈的是，随着小清河航运功能的丧失，昔日繁荣的码头文化也随之凋零。
近两年来，随着小清河各阶段治理工程的逐步实施，小清河渐渐褪去了尘霾，一条更胜往昔的五彩清河渐渐显现在济南人们面前。更为可喜的是，与小清河同样历史悠久的码头文化，日益回温，胜景重现。
如今，通过对小清河两岸及五柳岛进行综合治理，园林景观绿化已经基本完成。目前，小清河综合治理一期工程部分河段确已具备通航能力，沿线已打造出一道独特的水上游览线，并形成了5处游船码头和多处临时停靠点。其中，5大码头分别是五柳岛码头，历黄码头，板桥码头，盐仓码头，还乡店码头。在五柳岛码头，游客可以欣赏到“五柳风帆”等小清河新建景观，板桥码头在清河北岸，游船在这里停靠后，游客可以上岸到北部城区唯一的综合性广场――板桥广场休闲游玩，又能参观小清河综合治理展览馆，了解小清河的历史和综合治理的过程，在盐仓码头，可以了解到小清河作为曾经的盐运通道的历史：在还乡店码头，则可以领略到纯自然的滨河风情：历黄码头设有多处观景平台，既可观景又可垂钓。
除了上述码头之外，小清河沿岸还根据不同景观设置了多处临时停靠点，如南岸的朴榆寻幽、杉风楝影。青桐伴雨，荷风柳韵，花间凭古，水韵溢彩等景观处，均有临时停靠点供游客上下船休闲。
随着小清河综合治理工程的进一步展开，制定游船面向市民开放的相关运营方案，也被纳入相关部门的工作计划。市民能够乘船一览小清河沿线风景，体验沿河泛舟的乐趣。有关部门瞄准时机，通过建设名吃街及恢复“渡口游览”传统，小清河“码头经济”开始复苏。
根据改造设计方案，五柳岛地带划分为三个区：东区以“航运文化”为主，展现小清河盐运历史，中区为“党史纪念地”，西区为五柳闸遗址，五柳闸遗址纪念碑处设林荫广场。
随着环境的巨变，沿河社区看到了发展时机。北园街道办事处舜清苑社区靠近五柳岛渡口，因此率先作出反应，确立了开发连接小清河游览带的“小吃特产美食步行街”方案。据有关负责人介绍，“这里靠近五柳岛风景区和上岸码头，为了让游人上岸能吃到富有特色的济南名小吃，买到最具地方特色的济南土特产，这里将规划一条步行小吃街。店面装修都采用具备济南特色的古典风格，结合泉水泡茶的泉水文化，让济南小吃成为弘扬济南本地文化的载体。地方特产方面，我们也在进行最后的选择式引进，到时候，这条街上的名吃名产将统刷卡付费，让游客上岸后在这里游览品尝，购买具有济南特色的旅游纪念品。”