1987年台当局决定开放台湾民众赴大陆探亲，终于打破了两岸自1949年后长达数十载的隔绝状态。为了更好地解决两岸在交往中产生的问题，台湾方面遂于1991年3月9日，成立了得到官方授权的、与大陆联系与协商的民间性中介机构：海峡交流基金会。而大陆方面也于1991年12月16日设立海峡两岸关系协会，作为与海基会沟通的对口单位。在“九二共识”的基础上，两会分别于1993年和1998年举行会谈。正当人们期待两岸对话向更高层次发展时，1999年李登辉抛出“两国论”，致使两会商谈被迫中断。2000年5月民进党上台，推行“台独”路线，两岸两会商谈完全停摆。
俗话说，“黄河九曲，终向东流”。国民党于2008年5月重新上台后，两岸两会恢复了中断10年的协商，举行了6次会谈，签署了14项协议，实现了全面“三通”，开放赴台游，《海峡两岸经济合作框架协议》(ECFA)也在落实当中。
目前两岸交流的热络势头60年来前所未有。这是两岸各界共同努力的结果，而两会的努力最值称颂。尤其这两年海基会虽获国民党支持，但仍不时要面对民进党的冷嘲热讽及“台独”分子的暴力抗争，压力之大，难以言喻。但为了两岸同胞的福祉，海基会排除异音，与海协会达成了一项又一项的协议。
海基会除了参与两岸协商外，还肩负交流的重任。例如，2009年海基会率领岛内传媒登陆访问；2月邀请海协会会长陈云林赴台。此外，海基会还具有服务功能，不仅在2005年成立台商服务中心，近年更把登陆探访台商作为常态活动。去年大陆观光团在苏花公路发生事故，海基会对大陆死伤者家属提供了所需的援助。随着两岸经贸活动、人员往来日益频繁，海基会服务的功能将越来越重要。
谈起海基会的贡献，必离不开其领头人物。海基会首任董事长辜振甫在其人生最后14年，不顾年事已高，致力促进两岸关系，与海协会会长汪道涵两度会谈，甚至2005年病逝前念兹在兹的还是两岸交流。3月9日，海基会向辜老追颁“两岸和平特殊贡献奖”，确是实至名归。第四任董事长江丙坤曾多次随连战登陆访问，与大陆关系良好，接掌海基会，可谓如鱼得水，事半功倍。
随着两岸进一步扩大交流领域和层级，所需协商的事务也将增多，海基会和海协会的任务亦将繁重，面临的压力也会增加。不过，“长风破浪会有时，直挂云帆济沧海”，相信两岸两会有智能排除万难，造福两岸同胞。