极端主义是巴基斯坦面临的真正威胁。而印巴关系的缓和与克什米尔问题解决的进展程度，将在一定程度上影响穆沙拉夫的综合整治战略。 ７月以来，国际恐怖活动再度猖獗，伦敦和埃及连环爆炸案牵连到巴基斯坦因素，一些西方国家纷纷指责巴反恐不力，甚至将阿富汗境内“塔利班”日趋活跃归罪于巴基斯坦。巴基斯坦再次被推向了国际反恐的风口浪尖。
宗教学校成为祸根
到目前为止，并没有确切证据表明伦敦和埃及的爆炸案是巴基斯坦恐怖分子所为，或者是受巴基斯坦人指使。恐怖分子持有巴基斯坦护照也说明不了什么问题，因为在国际黑市上搞到一份假的巴护照是十分容易的事情。但由于很多国家的穆斯林都很向往巴基斯坦的宗教学校，愿意到那里去学习进修，一些宗教学校也的确成了藏污纳垢的地方，国际恐怖网络也利用各国穆斯林频繁出入巴基斯坦，大肆伪造巴国护照。
伦敦爆炸案嫌犯曾到巴宗教学校去过的确是事实。穆沙拉夫总统在为本国辩解的同时也坦承，极端主义是巴面临的真正威胁，一些传播仇恨和极端思想的宗教学校的确问题严重。巴基斯坦被普遍视为全球圣战者的温床，这些圣战者绝大部分是在２０世纪８０年代阿富汗抵抗苏联入侵、长期的克什米尔纷争和目前阿富汗“塔利班”抵御美军的战斗中成长起来的。
在许多西方人看来，巴基斯坦的宗教学校是“邪恶”的根源。该国有上万所几乎只传授《古兰经》的伊斯兰学校，一些被边缘化的弱势青年很容易受宗教学校宣传的极端与好战思想侵蚀。当年在帮助阿富汗抵抗苏联入侵的过程中，美国出资拉拢各国的圣战力量到巴、阿学习、培训，这也极大地助长了巴宗教学校的增长和圣战思想的传播。１９４７年独立之初，巴基斯坦只有１３７所宗教学校，１９５６年增加到２４４所，而目前巴各类宗教学校总数已达１１２２１所，学生达１５０万～２００万，其中确有一些学校在传播仇恨思想和煽动教派矛盾，为恐怖主义滋生提供了沃土。
巴基斯坦主要月刊《先驱报》不久前发表了一份图文并茂的详细证词，讲述年轻人如何在巴基斯坦西北边境省中部地区曼塞拉的极端分子营地接受训练。文章写道：“９．１１事件后，极端分子的活动一度有所收敛。去年在巴基斯坦政府的严厉警告下，这个训练营已经关闭。但好战组织今年４月开始重新组织起来，再度修复了被遗弃的训练设施。”据曼塞拉训练营的一位管理人员透露，主要的好战组织，包括真主穆斯林游击队、白德尔组织和哈尔卡特穆斯林游击队今年４月都开始卷土重来。《先驱报》称，曼塞拉地区的至少１３个主要训练营都已经恢复运转。据一些训练营的管理者透露，随着这些训练营恢复活动，申请加入圣战的新学员和曾经接受训练的好战分子蜂拥而至。
伦敦发生爆炸案后，在美英的重压之下，巴基斯坦当局连出重拳，掀起了新一轮反恐浪潮。
“塔利班化”和极端组织“政治化”日益严重
巴基斯坦与阿富汗接壤的西北边境省和俾路支省等地区一直是部落势力的天下，政府常常是鞭长莫及，由部落长老会做出的决定往往比政府的政令还好使。这些地区的极端势力问题更为严重。穆沙拉夫也公开指责“伊斯兰贤哲会”等宗教政党纵容“塔利班”在巴境内寻找藏身之地。
更令人担忧的是，巴阿边境地区的“塔利班化”趋势。７月末，由宗教政党联盟控制的西北边境省议会通过了《伊斯兰行为法》（Ｈａｓｂａ Ｂｉｌｌ），规定用伊斯兰法来严格规范人们的日常行为，该法律与过去“塔利班”在阿富汗推行的严格的伊斯兰法如出一辙。虽然这部法律还没有得到西北边境省省长的签署，但即使省长不同意，“联合行动阵线”（ＭＭＡ）还可以将该法提交由其控制的省议会通过生效。该法的最后一道障碍在最高法院，但“联合行动阵线”声称，即使最高法院审查未能通过，他们也将会对该法做适当修改然后再行颁布。总之一句话，铁了心要推行《伊斯兰行为法》。目前，这部法律又提上俾路支省议会的议程，在巴境内大有蔓延之势。
更有甚者，目前举行的巴地方选举中，极端组织向基层政府渗透和“政治化”的趋势难以遏止。巴基斯坦选举委员会公布了１８个非法组织名单，其中包括“强格维军”、“真主军”、“拉什卡尔民兵”等圣战组织，规定这些组织的成员均不能参加地方政府选举。为阻止极端势力向地方政府渗透，巴中央政府和选举委员会还发动了一场公共舆论运动，让民众认识这些圣战组织的危害性。但是这些努力并不能阻绝极端势力参加地方政府选举。曾先后两次遭取缔的“先知弟子军”目前已改变称呼重新注册，并公开声称，将推动手下人以独立候选人身份参加选举，而巴法律对此无能为力。据称，“先知弟子军”虽然在伦敦爆炸案后遭到严厉打击，有７０多名成员遭到逮捕，但该组织仍很活跃，仅在信德省就推荐了１９０名候选人，其中有９０人要角逐卡拉奇市基层官员位置，在旁遮普省更是推荐了３７０名候选人。分析家认为，极端组织参与政治选举说明巴极端势力政治化的趋势越来越显著，并且逐渐向主流宗教政党靠拢，这对巴今后的政治力量组合将产生深远影响。
印巴关系决定综合整治效果
为维护巴国家名誉，巴基斯坦政府在伦敦连环爆炸案后加大了反恐力度，出台了一系列综合整治国内极端势力的政策。目前，穆沙拉夫总统已勒令全国的宗教学校重新登记注册，驱逐在巴宗教学校的１４００多外国学生，并在全国范围内逮捕了７００名可疑的武装分子和宗教极端分子，其中包括非法武装组织的成员、涉嫌发表煽动性言论的宗教人士和涉嫌出版或传播仇恨材料的伊斯兰极端分子。穆沙拉夫７月末发表全国讲话，呼吁全国人民发动一场打击极端主义的“人民战争”。
穆沙拉夫一再明确告诫警察和政府各部门，必须全力以赴镇压被取缔的极端组织，尽管有些组织可能改头换面隐藏下来。现在，巴基斯坦政府已经改变以往对恐怖分子区别对待的方针，不管是否与“基地”组织或其他国际恐怖组织有关，还是曾在诸如克什米尔等地战斗的伊斯兰极端分子，巴基斯坦政府都将实行严打。
巴国内伊斯兰极端势力历来与克什米尔问题相互纠缠，印巴关系的缓和与克什米尔问题解决的进展程度，将在一定程度上影响穆沙拉夫在国内的综合整治战略。穆沙拉夫坦率承认：“我看到了印度领导人的真诚。如果我们能更快地朝解决克什米尔问题的方向前进，我对付极端主义的手将更加强硬。”因此，印巴关系的缓和程度和克什米尔问题的发展，将继续制约巴在打击国内极端势力问题上的进展。