2007年，杨紫烨拿了奥斯卡之后，有人问她下部纪录片想拍什么。杨紫烨说想拍环保题材。因为“艾滋题材是帮助一个群体，环保要更大一点。” 搬来北京7年了，对于中国的环境问题，杨紫烨有着切身体会。2005年3月某天下午的一场沙尘暴把她吓了个够呛。接着就是经常性的上呼吸道感染。
问她的那个人，正巧是一个支持了很多NGO项目的华人。
他当时刚去过安徽，建议杨紫烨去看看那边的几个环保NGO组织。拿到这个信息是2007年4月，杨紫烨直接就去了。本想看看就好，不止拍摄仇岗，也拍淮河。然而故事就慢慢开始发生了。
仇岗村年逾六十的农民张功利原来过着耕田、种菜、喂猪的普通生活。2004年。三家生产有机化工品的化工厂落户仇岗村，其中最大的一家化学制品公司，排放的工业污水浸漫张功利的自留地，导致他颗粒无收。张功利由诉讼索赔受挫，到自学法律继续上诉而无果，开始了一段自己也始料不及的历程。此后在环保组织及村民的协助下，张功利收集污染证据并借助媒体力量，终于迫使化工厂被政府勒令撤出村庄。
杨紫烨花了6个月做前期策划，拍的时候，很低调，村千部没来阻止。但去工厂时，还是被拒绝。拍摄的前两年，工厂没有关闭，杨紫烨当时很担心，如果工厂再生产下去，村民就永远被污染影响下去了，这个故事也没有希望了。
于是跟着拍了三年，工厂关闭了，她也停下来了。
“在北京798艺术区放，几百个观影的看了哗哗掉眼泪。”很多艺术家去看了，给了很高的评价。有的甚至认为《仇岗卫士》里农民张功利的表演超过“正规军”，专业演员用的是一种字正腔圆的声音，而他流露了真实的情感。
杨紫烨希望拍的片子到上千人的电影院放。否则，仅仅冒一个小小的气泡，或者连泡都没有就永久地消失了。
小片的胜利
2007年，杨紫烨获奥斯卡奖时，“中国防艾第一人”高耀洁医生正在赴美国领奖的路上，这位年过八旬、除了良心之外“一无所有”的老太太遭遇了极大阻力而一波三折。举起小金人时，杨紫烨说了全场唯一一句中文：“感谢所有的抗艾滋英雄，还有所有支持我们的人们。”
4岁孤儿高峻的父母皆因卖血感染艾滋病去世。高峻跟着半痴呆的奶奶生活，全身出了疱疹，生命危在旦夕。大伯唯恐抚养他，使自家健康的孩子失去伙伴，尚未成家的叔叔更不愿抚养他，怕再也讨不到老婆。3岁的他，只有跟家里的鸡、猪一起玩，也不和任何人说一句话。
15岁女孩楠楠也是母婴途径感染者，楠楠的姐姐出生时母亲尚未感染，健康的她在城里打工找了未婚夫。回乡办婚事，姐姐的最大顾虑是千万不能让丈夫知道自己是艾滋孤儿，妹妹是感染者。这也许要小心翼翼地瞒一辈子。
黄家三姐弟虽是健康的孩子，父母的辞世和外人的歧视，给他们的生活留下了沉重阴影。杨紫烨第一次走近相依为命的三姐弟时，他们因害怕连自己家都不敢回。弟弟对着镜头哭诉：“他们说你爸爸你妈妈因为艾滋病死了。以后我们不跟你玩了。”
杨紫烨在剪辑室里度过了非常艰难的时光，完成所有镜头后，趴在剪辑台上大哭一场。“我跟小孩有感情，很多素材想放进去，但催人汩下的部分，恰如其分最好。对国外的观众而言，很多东西不明白，刚刚好的打动就可以。”
闻到死亡的味道
2002年冬季，定居美国的杨紫烨陆续看到有关中国艾滋病与艾滋孤儿的报道。她敏锐地感觉到，这是一个有关社会歧视与青少年命运的好题材。
杨紫烨从纽约艾伦戴蒙艾滋病研究中心主任何大一处，了解到了很多中国艾滋病的情况，并着手联系每一位在中国的朋友，讨论成行的可能。“每一个人都以为我疯了，每个人都说不可能。当时这个话题在中国还很禁忌。”但她没有放弃。这位上世纪70年代赴旧金山艺术学院学习绘画与电影制作的香港女人，太知道什么叫坚持与等待。在美国电影圈，杨紫烨长期担任剪辑等幕后工作，伺机而动。王颖的《喜福会》、陈冲的《天浴》，都是这个“剪辑皇后”的杰作。1997年。年近而立的杨紫烨终于执导了自己的首部纪录片《风雨故园》。这部短片讲述了1997年香港回归前后，香港青年人的心态与命运变化。从此，她在这条路上越走越远。2000年，杨紫烨首次回国拍摄了讲述城乡差距的纪录片《中国一二》。
待到2003年SARS之后，杨紫烨明显感觉到中国政府在公共卫生问题上的态度日渐开放。拍摄时机快成熟了。因为赢得NBA的合同，拍摄姚明与魔术师约翰逊的公益广告；为杨紫烨的纪录片赞助打开了道路，不过那也只是杯水车薪。
2004年10月，杨紫烨毅然卖掉美国的房子，带着两个箱子和满腔壮志回到中国。
“残留的空药瓶，破旧的玩具，孩子们贴在墙上写字，老人依在窗边哀叹，死亡的阴影仍深深笼罩着这个家庭。我清晰地闻到了一种味道――死亡的味道。这种味道是如此的刻骨铭心，那是任何镜头都无法捕捉和传递的震撼感受。这仅是我探访的第一个家庭，中国内地还有7万多个艾滋孤儿在相同的阴霾里挣扎，那又是一种怎样的悲哀?”这是2004年春节，杨紫烨第一次到达颍州后写下的一段话。
影片的拍摄时间是1年，后期制作又持续1年。制片与摄影10次前往安徽阜阳颍州地区的几个村庄，杨紫烨自己去了3次，前后共拍摄了60多个小时的素材。
随着拍摄进程的拉开，杨紫烨欣喜地发现，这些孩子有了变化。高峻开始说话了。他原是个非常开朗的男孩。他会围着工作人员跑进跑出，接到礼物会微笑。他还找到了新的抚养家庭。
年龄最大的艾滋孤儿没有出现在影片里。他已经在大学念书，同意拍摄。但不希望出现在影片上。“受影响最大的是20多岁那一拨，他们从小就知道被歧视的感受，应得到心理上的帮助。”
杨紫烨最终也没让颍州的孩子们看到完整的影片，“不想让他们觉得自己是可怜的，我希望他们再长大一些，能在心理有所准备时再看到这部影片。对他们来说，快乐的成长是最重要的。”
“和谐”就像好孩子病孩子一起玩
有些人很奇怪，这个美国大城市来的女人，咋对农村生活不认生呢?
杨紫烨很直白：我一直就和弱势群体在一起。
“香港的五六十年代和中国的八十年代差不多，还比较穷。很多人什么都没有，都是要从头开始。当时我爸爸开一个很小的塑胶厂，我和我妈妈常常去‘木屋区’，派塑料花给那里的人做小工。木屋区相当于香港政府提供给穷困者的廉租房，那些房间很小，住六七个人。”
杨紫烨现在住在北京建外大街，身处CBD繁华之地，她却常常下楼和附近建筑工地上的农民工交谈。看到小时候“木屋区”那些人的影子：
“他们很累，每年赚几千块回家，就很开心，下一代可以读书，可以过得更好……”
继《颍州的孩子》后，2008年的纪录片《彼岸浮生》讲述从外地来到北京的三位男同性恋者的故事，他们向往着在大城市可以按照自己的意愿自由生活，但“结婚生子”等传统家庭观念的阴影仍然挥之不去。这是杨紫烨最为擅长的边缘地带冲突题材，尽管入围第81届奥斯卡纪录短片提名，但并没有在国内受到过多关注，更没有达成杨紫烨“希望它成为性教育电影，使中国人更包容”的目的。
“拍纪录片需要很大的毅力。”在美国，杨紫烨和NGO的联系非常紧密，寻找拍摄经费，也可以推进拍摄各项事宜。在中国，她也更会和NGO打交道了，她感到现在中国贫富差别太大。差别这么大，同一个阶层和谐相处是没有问题的，但是不同阶层之间能不能和谐，就不知道了。
她眼中的社会和谐，就像《颍卅f的孩子》里，正常孩子和得病的孩子能玩到一起，能够分享同样的东西一样。