对教改方案，北大一些年轻教师提出了意见。有些人认为，在整个高等教育体制没有流动起来、特别是在没有民间和外资高等院校的情况下，在社会保障体制不完善的情况下，在许多青年教师（特别是基础学科）工作期间收入微薄、其专业在社会上没有市场的情况下，被淘汰的教师没有了起码的安全保障和退路。还有人认为不能在所有学科搞一刀切，这样必然会加剧目前某些文史哲基础学科已经恶化的学术环境。
当然，也有一些老师认为这份方案的危害不在于是否打破饭碗，而是以这种类似经济改革的方法对待学术环境是违反教育规律的。记者在教育网上获得了一份意见书，和其他关于担心失业的意见不同，它就是在这个方面直接抨击了此项改革的立意：
“引入竞争和流动的机制是正确而必要的，但学校当局对现有教师队伍应该有一个起码的尊重和信任，应该对他们普遍存在的实际困难有所考虑，而不应该纯依靠‘竞争逼迫’法则。当前北大学校当局用以提高北大竞争力的指导思想类似于原始积累时期资本家的法则，即试图靠使劳动者处于失业威胁之下促使其提高其生产效率，这种方式是野蛮的，而且已经在现代经济社会发展的过程中被先进经济体制所抛弃。”
另一位老师担忧，“这种改革方案将北大青年教师（特别是基础学科）彻底地变成了北大乃至社会中缺乏安全和尊严的弱势群体。在如此高的失业率的压力之下，学术研究工作将成为一种纯粹为了生存而挣扎的行为。北大原有的在中国高等教育中最为可贵的学术理想和精神追求将无容身之地。”
批判这套方案的不仅仅局限于副教授、讲师。一位北大教授在接受记者采访的时候，也抨击这种改革方案不切实际，对北大各个专业的具体状况缺乏起码的了解和调查。“连一个普通学生都知道，许多专业，比如中文、党史、法律等，有很强的民族性和本土特色，不能进行所谓‘与国际结轨’，但是，改革方案要求教授晋升要由外国知名大学教授作评议，对于这些专业来说，不仅无法找到外国知名大学的教授，即使找到这些教授，我们的党史研究怎么能让美国的汉学家们指手画脚呢？”他认为，这也是校方对人文社会科学的内在特性和工作机理缺乏充分的体认，由此表现出与北大的思想文化地位不相符合的“实用主义”态度。
另外，更为激烈的批判是针对改革本身的公正性的，很多人置疑为什么只进行教师改革，不对更为庞大臃肿的行政系统进行人事改革。一位反对教改者认为，建设世界一流大学，管理层也是关键。而目前北大行政系统的机构臃肿更加成为大学发展的绊脚石。在中国，行政干部掌握学校大部分资源，如果不进行行政系统的改革，单单从相对没有多少资源的教师入手，虽然容易，但对学校的整体不会有多大作用。“能想象只进行职工人事改革，不进行干部人事改革的成功国企吗？”
一位北大老师对记者说，之所以来北大之后立刻喜欢了这个环境，就是因为这里没有太多的功利的压力，可以安心做学问，而且周围很多很淡薄名列的老教授就是这么为人师表的。他说如果北大也这么功利化、数量化，那真是悲剧了，蔡元培的北大就永不再来了。