对于将“国家”作为分析单位的社会科学的知识取向，沃勒斯坦一向持批判态度。早在七十年代初，沃勒斯坦就在《近代世界体系》中对当时处于支配地位的以“民族国家”为分析单位的发展主义和现代化理论展开了猛烈的批判。正如他在九十年代对世界体系理论进行总结时所指出的，世界体系理论有三个特征：一是它从法国年鉴学派处承继光大的长时段观念，它认为长时段是“世界体系”这一空间的时间项：正是一个“世界”的空间和一个“长时段”的时间，结合起来构成了种种会发生变化的特定的历史世界体系；
二是它主张我们生活于其间的世界乃是一种源于十六世纪的特定的资本主义世界经济体系；
然而，世界体系理论最为重要的特征，在于它否定“民族国家”是一种经由时间而“发展的”相对自主的“社会”，并且认为社会或社会行为的研究的恰当分析单位乃是一种“历史体系”，或称历史的“世界体系”。
二战结束以后，随着欧洲殖民体系的瓦解和亚、非、拉新兴国家的独立，“发展”成了一种占支配地位的观念；
在这种发展观的支配下，西方学术界产生了一股研究这些新兴国家发展和现代化的思潮，并成为当时的显学。这类发展理论或现代化理论当然地认为，一个国家只要能够超越其传统的价值和社会结构，便能够取得与西方发达国家相类似的发展和相应的核心地位。在这些以“国家”为分析单位的理论研究中，隐含着一个预设，即发展首先是指被当作个别实体来看待的单一国家或单一社会的发展。这个理论预设在更为一般的层面上还意味着研究社会变迁的单位乃是一种抽象的“国家”或“社会”，而世界就是由这样一些相关但基本上独立自主的国家所组成的。
霍普金斯（ＴｅｒｅｎｃｅＨｏｐｋｉｎｓ）和沃勒斯坦在“近代世界体系的发展模式：理论与研究”一文中断言，有关政治和经济主要进程的适当分析单位，并不是发展理论或现代化理论所宣称的民族国家，而是历史的世界体系。斯考契波指出，“沃勒斯坦的著作《近代世界体系》一书，旨在与‘现代化’诸理论在概念上有个分明的突破，并力图提出一个新的理论范式来指导人们研究资本主义、工业主义与民族国家的起源与发展。因为现代化研究取向业已遭到严厉的批判：现代化研究者将国家实体化为唯一的分析单位，假定所有的国家都将依循着由‘传统’到‘现代’演化发展的唯一路线，同时还忽略了足以左右国家发展路径的超国家结构的世界历史发展。”通过对现代化理论的批判，沃勒斯坦建构起了他的“世界体系”理论。他说：“这个新观点的预设是社会行动和社会变迁并不是产生在抽象的社会里面，而是在一个特定的世界内———一个时间和空间的整体：其空间的范畴与构成整体的区域或部分之间的基本分工共存，其时间的长度则与此一分工体系所反映的世界整体一直持续下去。具体而言，这个世界体系就是指那个发源于十六世纪的以欧洲为中心的世界经济体系。”
世界体系理论大量采用了依附理论的观点，但又与依附理论存在差异：依附理论认为，边陲地区一旦从它与资本主义核心国家的依附关系中解放出来，它就可能获得这些核心国家曾经经历的发展，而世界体系理论则认为，影响发展的外部因素不能以某个核心与某个边陲之间关系的紧密程度来决定，相反，问题的关键应当是某个国家“在单一世界体系中所占据的结构位置所带来的结果。”在沃勒斯坦看来，国际阶层化不仅是世界资本主义体系的基本特征，也是维持该体系之延续所必要的结构性安排。一个国家离开某一个结构性位置，决不意味着它从该世界体系中逃脱，而仅仅意味着它将在世界分工体系中扮演另一个新的角色。简而言之，某一国家在结构位置上变动的可能性需要依靠体系中某个部分的变迁，而该国与此一部分却未必需要具有一种直接的关系。
沃勒斯坦对于那种把“国家”作为分析单位的思维方式的批判，并未止于他对本世纪中形成的发展主义和现代化理论的批判，他更将批判矛头直指十九世纪中叶得以制度化的、反映了自由主义意识形态的社会科学，因为他认为，十九世纪社会科学的重要前提之一就是这种将“国家”视作分析单位的理论取向。
沃勒斯坦认为，在现代社会科学中，最具穿透力同时也最具误导性的概念是社会。作为一个具有特定意义的概念社会是与十九世纪现代社会科学的制度化紧密相关的。作为一种制度化的社会活动，社会科学是在知识的层面对法国大革命以降发生的一系列变革所作的系统性回应之一。这些变革构成了现代意识形态历史中的文化分水岭，因为它促使人们普遍接受了这样一种观念，即不是社会静止而是社会变化，才是常规的。这就提出了一个知识上的问题，即如何调整、加速、减慢、或者影响这一变化或演化的常规性进程。
这里需要指出的是，十九世纪社会科学回应这个问题的标准路径，是追问如何“协调”社会与国家的关系，因为社会科学研究者认为，逐渐形成的民族国家乃是政治活动的无可争议的核心，它们是有效控制社会的场，从而也是实施和影响社会变化的领域。在这种观点的再生产过程中，历史学家和社会科学家渐渐把国家视作社会生活得以运作于其间的基本社会实体，亦即把社会与国的边界看作是同一的。十九世纪制度化的社会科学呈现了三个特征：第一，从经验上来看，它们主要关注的是资本主义世界经济的核心国家；
第二，几乎所有学者都研究有关他们自己国家的经验资料；
第三，研究的主流方式是经验的和具体的。上述这些特征可以被概括为以国家为基础的经验取向也是一种设定和促进社会变化的研究方式。对于国家政策的制定而言，这种社会科学无疑大有助益。
正是在这个意义上，社会科学即使不是国家的造物，至少在很大程度上也是由国家一手提携起来的：它把国家的疆界视为社会的边界，把国家视作一个假想的无需证明的框架。沃勒斯坦一针见血地指出，十九世纪形成的社会科学知识实际上是以一种特殊的空间性观念为基础的，因为几乎所有的社会科学家都认为，人类生活必定是经由国家这类空间结构加以组织的。在社会科学被期待着去推进社会进步的过程中，不仅国家的边界被视作追求这种进步的自然框架，而且社会科学本身也渐渐成了一种捍卫“进步常规性”意识形态的知识类型，因为社会科学家允诺为促进此一进程而提供明确知识。这就是“发展主义”意识形态的一个结果。
沃勒斯坦指出，在一八五○年至一九五○年的一百年间，为数不多的社会科学家对这种把国家视为社会科学的当然的分析单位的取向提出异议，但真正的严肃质疑始于本世纪七十年代。在沃勒斯坦看来，这种局面的出现产生于两个相关的变化。第一个变化发生于现实世界：再分配的速度滞后于对再分配的飞速增长的要求，人们对国家产生了一定程度的幻灭感。在一种深刻的怀疑主义的阴影中，人们开始追问：社会科学家所许诺的进步或发展在多大程度上是必然的，国家的改革事实上能否带来真正的进步？第二种变化发生于知识领域，现实世界中对国家的怀疑深深地渗透进了知识领域，从而国家作为一个分析单位的自然基础遭到了根本性的削弱。
在这样的背景中，沃勒斯坦对十九世纪社会科学发起了“否思”（ｕｎｔｈｉｎｋｉｎｇ）的挑战，矛头所向便是那种视国家为唯一分析单位的社会科学取向。沃勒斯坦指出，传统社会科学分析的国家中心主义取向是一种理论上的化约：它假定存在着一些同质性的空间，而每一空间都构成了一个主要通过诸多平行过程而运行的自律系统。基于这样一种假定，传统社会科学所追问的乃是“什么是社会”这样的问题。然而，沃勒斯坦所倡导的历史社会科学却认为这是一种伪问题，因为在真实世界中并不存在这样一种抽象的独立的社会，相反，存在的只是一种具有特定时空规定性的具体的社会。国家从来就不是一个完全独立的政治实体，因为所有的国家始终存在于国家体系之中，“国家并不是生来就有的。它们是人为创造的制度，而且它们的形式、力量和边界也是通过其在国家体系中的互动而不断变化的。就像世界经济随着时间不断扩展一样，世界经济的政治表现———国家体系———也一直在扩展。”在把这种分析单位变成一个质疑对象的同时，世界体系理论转换传统社会科学“什么是社会”的问式，转而追问“社会存在于何时和何地”或者“社会生活发生于其间的实体存在于何地和何时”。正是在这样一种追问中，社会科学分析单位的问题得到了开放。
沃勒斯坦明确主张用“历史体系”这个术语替代原有的“社会”或“国家”术语。根据他的分析，人类社会变迁进程中存在着三个众所周知的历史体系的形式或变异，即他所谓的“小体系”（ｍｉｎｉ-ｓｙｓｔｅｍｓ）、世界帝国（ｗｏｒｌｄ-ｅｍｐｉｒｅｓ）和世界经济。所谓“小体系”，是指一种空间相对较小而且时间也可能相对较短的体系；
这种体系在文化的和支配性的结构方面具有着高度的同质性（ｈｏｍｏｇｅｎｅｏｕｓ），其基本逻辑就是一种在交换方面的“互惠”（ｒｅｃｉｐｒｏｃｉｔｙ）逻辑。“世界帝国”是一种含括了多种“文化”模式的巨大的政治结构。这种体系的基本逻辑是中央从地方自治的直接生产者处榨取贡品。“世界经济”则是为多元政治结构所支解了的但又经过整合的生产结构，它呈现为极为不平等的链条。“世界经济”的基本逻辑是不平等地分配积累起来的剩余产品，从而它是一种有助于那些能够在市场网络中实现各种暂时垄断权的国家或地区的“资本主义”逻辑。沃勒斯坦还指出，在世界体系的变化进程中存在着两重过程：一是中心区的“中心化过程”，即在世界经济中，一些国家在几个地区不断地垄断商品，并利用国家机器在世界经济中牟取最大利润从而成为“核心国家”；
另一个过程是发生在边缘区的“边缘化过程”，即一些国家在世界经济中由于技术落后以及使用大量的劳动力而成为“边缘国家”。与这种经济两极化相对应的是政治两极化，即在中心区发现了强国，而在边缘区则出现了弱国。
沃勒斯坦并不否认国家是现代社会变迁的一项关键建制。他认为，对于经济、文化和社会变迁过程来讲，国家乃是一项能产生深刻影响的建制。“很明显，要对所有这些过程进行研究，都必须首先对国家的种种机制有所了解。真正不需要的倒是这样一个假定：即认为国家构成了社会行动的自然的、甚至是最重要的边界”。沃勒斯坦上述关于历史体系之共存的历史和形式的论辩，尚不构成世界体系的分析，它们还只是世界体系分析中的一系列“临时性”的假设，仅“供人们进行论辩、修正和反对的”。
埃文斯（ＰｅｔｅｒＥｖａｎｓ）和斯考契波为首的“回归国家学派”认为沃勒斯坦的理论隐含着高度的“结构决定论”。沃勒斯坦宣称社会科学分析单位只能是那种用经济过程把它界定出来的世界体系，从而表现出了一种“经济化约论”倾向。他忽视了那些对社会变迁具有重大作用的法律、政治和文化等因素。沃勒斯坦的“结构主义”倾向还表明他注重分析单位整体中的关系而忽略具体的非关系项。所有这些方面，都可以看作是沃勒斯坦理论的缺憾。
但是，上述质疑并不旨在对沃勒斯坦的理论努力进行否定，而是努力寻求某种批判性的平衡。沃勒斯坦把自己十多年来的所有努力看作是世界体系理论建构的第一阶段；
而对于那些业已提出然而尚未得到很好阐释的问题进行阐释和论证，则是该理论建构的第二阶段。按照他的说法，世界体系理论第二阶段的研究涉及到三个领域：第一个领域是对世界体系而非资本主义世界体系进行详尽阐释；
其中包括三项任务：（１）重新评价何为现代世界体系的自身品格；
（２）重新评价一个世界体系在时间和在空间上的意义；
（３）开始系统比较不同类型的世界体系。第二个领域是对如何界定和评估资本主义世界体系内部的多极化（ｐｏｌａｒｉｚａｔｉｏｎ）趋向进行阐释；
这也涉及到三个方面的具体任务：（１）如何在技术上解决多极化标准之确立的问题；
（２）从理论上如何阐明多极化并不存在于国家而是存在于经济区之间；
（３）具体数据的收集。第三个领域是对我们在未来所面对的历史选择进行研究，这是因为“如果我们相信所有的世界体系都会结束，那么我们生活于其间的世界体系也将结束”，而新的世界体系将应运而生；
因此，要完成这个复杂而艰巨的任务，就迫切需要建构一种新的社会科学。这对于沃勒斯坦来讲就是“历史社会科学”的建构：对分析单位———历史体系———的界定和阐释已经成为一项新的核心目标。