1948年的最后一天，在南京，对着滚滚而去的长江，傅斯年和胡适两人一边喝酒，一边背诵着陶渊明的《拟古》诗第九首：
种桑长江边，三年望当采。
枝条始欲茂，忽值山河改。
柯叶自摧折，根株浮沧海。
春蚕既无食，寒衣欲谁待。
本不植高原，今日复何悔！
其时山河即将易手，国民党已完全失去东北，淮海战役也胜负将分，两位影响了一个时代的知识分子相对凄然，禁不住泪下。他们的泪到底为何而洒？从傅斯年一贯的思想来看，他所痛苦的并不是国民党这个政权的败亡，这位“五四”运动的学生领袖、自由知识界的重镇，他对政治的兴趣绝对不是做官，即使书生问政，他一辈子也只肯当参政员，而不愿入阁，也不介入任何党派，他一生主要的角色是历史学家，是大学校长，是手无寸铁的知识分子。他认为数几年来的中国“以暴易暴，没有丝毫长进”，“政治上的革新”不如“精神上的革新”，热情地讴歌“非武器的革命”和“单纯的学生革命”，说白了就是主张和平变革，走渐进的道路。在1949年到来的前夜，山河改色对他而言意味着文明渐进、和平变革之路的中断，这是他最不愿意看到的。对国民党他有一肚子的不满，从抗战时期到1947年，他对权势显赫的孔、宋家族都有过激烈的抨击，写下了一系列震慑一时的檄文，因为而被誉为“傅大炮”。1947年春天，宋子文被迫辞去行政院长之职固然有多种原因，但傅斯年在论坛上发出的狮子吼也是导致他鞠躬下台的三个重要原因之一。当时身居外交部长高位的王世杰当年3月1日的日记说得很清楚：
“宋之去职其因甚众。一则党内陈立夫等及黄埔同志等均对彼不满。二则党外之民主社会党（张君劢党）一再声称如宋继续主持行政院，则彼等决不参加行政院。三、胡适之、傅斯年等无党派人士均反对宋子文。”
有人评论傅斯年那些犀利的文字矛头只是对着宋子文这样的权贵，从来没有指向过蒋介石，不过是“只反贪官、不反皇帝”而已。这确是一个事实，他从来没有公开、直接地批评过蒋，可以说对蒋始终抱有一丝幻想。其实，不仅傅斯年，当时许多外国政要、名流对蒋介石这个人的认识也五花八门，对他寄予希望的同样不乏其人。据赫尔利告诉王世杰，斯大林说蒋介石“为一爱国者，无自私自利之心；
惟部属则多不肖之人。”1948年初，美国重要人物纷纷评论蒋介石，有人称其为“无知识的封建的独裁者”，但也有人赞他是“先知先觉”。
何况傅斯年始终信奉和平、渐进的变革，不是一个“以暴易暴”主义者，在他看来，进步是一点一滴造成的，不是毕其功于一役，谋求整体改造，一夜之间解决所有的问题。假如他把矛头指向蒋介石本人，无疑是堵死变革的大门，这不合乎他的思想倾向。他对中国政治的看法本质上是悲观的，他曾说：“中国的政治，不特现在是糟糕的，就是将来，我也以为是更糟糕的。”但他并因为其“糟糕”就放弃自己的责任与努力，也算是知其不可为而为之吧。抗战后期，在以参政员身份访问延安之前，他曾几次上书蒋介石提出政治革新的要求。1944年10月22日的王世杰日记说，胡政之、傅斯年等五参政员提出了刷新政局的八条办法，要蒋介石予以大体接受后才愿意赴延安。10月29日，傅斯年他们又联名上书蒋介石，主张改组政府，请王世杰转陈。如果说他炮轰孔祥熙、宋子文等当道的权奸误国，着眼的是批判，那么这些上书就是在建设方面用力，遗憾的是这些上书几乎都无下文，最终不了了之。他心中的失望我们今天已无法知道，当时也少有人知，不知这次出版的《傅斯年全集》中是否收有他的日记，让我们有机会接近他当时的心境，接近他的灵魂。
当然，傅斯年是生于新旧转型之际的中国读书人，他也没有完全摆脱传统对他的影响。他在1919年11月写的《中国狗与中国人》文中曾这样说：
“我们自以为是有新思想的人，别人也说我们有新思想。我以为惭愧的很。我们生理上、心理上，驮着二、三千年的历史。……我们若生在皇帝时代，不能不有一定不做官的决心？……我们现在腼颜自负的觉悟，不和当年提过考篮而不中秀才的人发生一种‘生不逢时’的感情一样么？这感情能造出什么生活来呢？……所以新思想不是即刻能贯彻了的，我们须得改造习惯。”
我们由此不难理解他之“只反贪官、不反皇帝”。在专制下生活了数千年之久的国人，要摆脱根深蒂固的旧思想、旧习惯，又谈何容易。傅斯年所代表的“五四”一代新型知识分子，能走到这一步已是重大的突破。顺着这条路走下去，以新思想重塑中国知识分子的人格、灵魂尤其是行为习惯，从而彻底放下因袭的重负，担当起文明更新的任务。在1948年的最后一天，目睹国民党的败亡，更重要的是——渐进变革的梦无可挽回地破灭，他们多年的努力统统付之流水。两行热泪，一腔心血，都随着长江和陶渊明的诗句而去，一个他们参与创造、曾经属于他们的时代结束了。半个多世纪后，当《傅斯年全集》终于在大陆问世，我想到的却是他临去时的眼泪，想到他们逝去的理想。